1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...agtgatgattgttttttttaacggaagtgtcatagtgatgattgttactgcttaaaggtaatcactatttttattaggctaattgaaatatcaaatgcagCTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACAAGTTCAGAGCAAATAATGAGATCTGTCGAAGAGATTGCAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g12710.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAG CTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACAEST: gi|58597240|gb|CK007768.1|CK007768
genomic: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAGgtaaagtgat ... tcaaatgcagCTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACA
EST: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAG CTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACAEST: gi|25803337|gb|CA759298.1|CA759298
genomic: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAGgtaaagtgat ... tcaaatgcagCTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACA
EST: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAG CTGCATACAATNTTAGGTGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACAEST: gi|25803336|gb|CA759297.1|CA759297
genomic: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAGgtaaagtgat ... tcaaatgcagCTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACA
EST: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAG CTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACAEST: gi|2427208|gb|C71671.1|C71671
genomic: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAGgtaaagtgat ... tcaaatgcagCTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACA
EST: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAG CTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACA
genomic: GATGCTTCAAGAATGTGTGTGAGCTTGACATCGTATTTAACTTCAACAAGgtaaagtgat ... tcaaatgcagCTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACA
tactgcttaaaggtaatcactatttttattaggctaattgaaatatcaaatgcagCTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACAAGTTCAGAGCAAATAATGAGATCTGTCGAAGAGATTGCAAG
ggctaat putative branch site (score: 37)
taatcactatttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtgatgattgttttttttaacggaagtgtcatagtgatgattgttactgcttaaaggtaatcactatttttattaggctaattgaaatatcaaatgcagCTGCATACAATTTTAGATGAAATGATACTTGGGGGACAAGTGATTGAAACAAGTTCAGAGCAAATAATGAGATCTGTCGAAGAGATTGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - -tgattgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgctta