Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttatttatgttgttcagtgatattaatgtttggttctgaaagagcatgagcagggtagtaactaatgcaatatcacctgactatcttttatcgctaaaccattatcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTCAGGGGGCTGAAATTTTGTTCTATCCAACTGCAATTGGTTCTGAGCCCCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g33080.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g33080.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G073950_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtaagttatttatgttgttcagtgatattaatgtttggttc-tgaaagagcatgagcag-ggtagtaactaatgcaatatcacct-gactat--cttttatcgctaaaccattatcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTCAGGGGGCTGAAATTTTGTTCTATCCAACTGCAATTGGTTCTGAGCCCCA
|||||||||||||||| | ||||| |||      ||  ||  |  |||  ||  ||||    |||||| |||| | |  | |  | ||  ||  || | ||  |   |   ||  ||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||  |||| ||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| || || |||||
gtaagttatttatgttctgcagtgttataggctcttatttagtttaagtacagtagcactaatagtaattaatacgacttaatatcgatcataactctaatgtcatcattcttgaccttgtagGAATCTGCTGGGATCAGTGGTTTCCAGAGTGTGCAAGAGCAATGGCACTTCTGGGGGCTGAAATACTGTTTTATCCCACTGCAATTGGATCCGAACCCCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|226698500|gb|GO497078.1|GO497078
EST:     GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGCCCATGGTGCTTC
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
EST: gi|218484020|gb|FG954038.1|FG954038
EST:     GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTT
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCC-AGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTT
EST: gi|58682108|gb|CK070795.1|CK070795
EST:     GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
EST: gi|109974732|gb|DT807075.1|DT807075
EST:     GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
EST: gi|27577312|gb|CB000007.1|CB000007
EST:     GTTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
EST: gi|38476031|gb|CF960164.1|CF960164
EST:     GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
EST: gi|55410603|gb|CV722979.1|CV722979
EST:     GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
EST: gi|88440825|gb|CI693394.1|CI693394
EST:     GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
EST: gi|29671592|gb|CB667867.1|CB667867
EST:     GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
EST: gi|33795740|gb|CF323739.1|CF323739
EST:     GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTG                         GAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC
genomic: GCTTTCAAAACGAAGTATGCTACAATTGGTGTTGgtaagttatt ... atcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taactaatgcaatatcacctgactatcttttatcgctaaaccattatcctggtagGAATTTGTTGGGATCAGTGGTTCCCAGAGTGTGCAAGGGCCATGGTGCTTCAGGGGGCTGAAATTTTGTTCTATCCAACTGCAATTGGTTCTGAGCCCCA
                                           ttatcct  CT-rich tract
                       tatcttttat  TA-rich tract