1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaagtatggtcaagtgggtatcgttgtgttctccttgttagcaatttgtgatctaatcttgtttctgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACACACACCTTGCATCAAACACATACCTTGTTGGCCATTCAGTGACTCTTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g12800.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|33656262|gb|CF278876.1|CF278876
genomic: AATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|58685364|gb|CK074051.1|CK074051
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|29678878|gb|CB675153.1|CB675153
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|58599056|gb|CK009584.1|CK009584
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|58663459|gb|CK052145.1|CK052145
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|58691659|gb|CK080346.1|CK080346
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|58663492|gb|CK052178.1|CK052178
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|58656426|gb|CK045106.1|CK045106
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|14571342|gb|BI118710.1|BI118710
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTCCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|88991494|gb|CI034829.1|CI034829
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|88363687|gb|CI609044.1|CI609044
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGGTCTTCC-ACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC ACTGAGGAAGCAGCTATGG-TGCTTTEST: gi|58652610|gb|CK041290.1|CK041290
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTT
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|58652699|gb|CK041379.1|CK041379
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|58673852|gb|CK062538.1|CK062538
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGEST: gi|33795619|gb|CF323679.1|CF323679
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGG
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTTGGGTGCCCTCAAEST: gi|33797146|gb|CF324438.1|CF324438
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATT-GGGTGCCCTCAA
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC ACTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGGTGCCCTCAAEST: gi|33687433|gb|CF315672.1|CF315672
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGG-TGCCCTCAA
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTTGGGTGCCCTCAAEST: gi|58653428|gb|CK042108.1|CK042108
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATT-GGGTGCCCTCAA
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACEST: gi|58681115|gb|CK069802.1|CK069802
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
tcgttgtgttctccttgttagcaatttgtgatctaatcttgtttctgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACACACACCTTGCATCAAACACATACCTTGTTGGCCATTCAGTGACTCTTG
atctaat putative branch site (score: 3)
tcttgtttctgcct CT-rich tract
aatttgt TA-rich tract