1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagttctcatctgaactgttctcattcatgattcatccaaggcagttgagaatttaattttagcattaaattgcacacacaactaaaattactctttgcctttctttgagatatttcgcttccaaatatcaatattctaatgaaaccaattaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAGTCTATGCATGCTGTACACATGCTGTTTTTAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g03540.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTG GAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAGEST: gi|86414677|gb|CI069080.1|CI069080
genomic: TGTTAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTGgtaagttctc ... attaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAG
EST: GAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTG GAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAGEST: gi|88246289|gb|CI246138.1|CI246138
genomic: GAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTGgtaagttctc ... attaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAG
EST: TATGATTGATACAGCTG GAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAGEST: gi|29656124|gb|CB652399.1|CB652399
genomic: TATGATTGATACAGCTGgtaagttctc ... attaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAG
EST: TGTTAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTG GAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAGEST: gi|86259883|gb|CI065756.1|CI065756
genomic: TGTTAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTGgtaagttctc ... attaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAG
EST: GATGGATGATATGATTGATACAGCTG GAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAGEST: gi|29685989|gb|CB682264.1|CB682264
genomic: GATGGATGATATGATTGATACAGCTGgtaagttctc ... attaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAG
EST: TGTTAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTG GAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAGEST: gi|29639966|gb|CB644975.1|CB644975
genomic: TGTTAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTGgtaagttctc ... attaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAG
EST: TGTTAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTG GAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAG
genomic: TGTTAGAGGAAAAGTGGCTGTTATGATGGATGATATGATTGATACAGCTGgtaagttctc ... attaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAG
ctttgagatatttcgcttccaaatatcaatattctaatgaaaccaattaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAGTCTATGCATGCTGTACACATGCTGTTTTTAG
ttctaat putative branch site (score: 11)
aaatatcaatattcta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttctcatctgaactgttctcattcatgattcatccaaggcagttgagaatttaattttagcattaaattgcacacacaactaaaattactctttgcctttctttgagatatttcgcttccaaatatcaatattctaatgaaaccaattaaattagGAACTATTGCCAAAGGAGCTGAGCTGCTGCATCAAGAAGGAGCAAGAGAAGTCTATGCATGCTGTACACATGCTGTTTTTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT