Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catattccaagaatatcttgtgcattacaagtatctatgacttcataattccatttgataaatatctttttgctgattaactttctattctcattaacagTGGCTATGCAGATCGTATTCGCGAGTTACTGGATGTTTCACGTGAGCTATCTGGGGTTCGTGATCTATCTATGAATAAAAAATCTTCTGTAGACAATTAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g73530.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g73530.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G375807_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
----catattccaagaat-atcttgtgcattacaagtatctatgacttcataattccatttgataaatatctttttgctgattaactttctattctcattaacagTGGCTATGCAGATCGTATTCGCGAGTTACTGGATGTTTCACGTGAGCTATCTGGGGTTCGTGATCTATCTATGAATAAAAAATCTTCTGTAGACAATTAT
    |||  |   ||  | || |  ||| || ||||| | ||     |   |||| ||  || ||  |   ||  || |||||  || |   || |  |   ||||||||||||  |||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||| |  ||||||  ||  || | | |||| |||||||  |  ||||||
tcatcatgatgtgaggtttatttaatgcctttcaagtgtatacatgcttcaaatttcaaatggtagtt--tttgatggtgattggctat---tttttgtgtgcagTGGCTATGCTAATCGTATTCATGAATTACTGGATGTCTCGCGTGAGCTATCTGGTGGCCGTGATAGATTGATTACTCAAAATTCTTCTGATGGAAATTAT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taattccatttgataaatatctttttgctgattaactttctattctcattaacagTGGCTATGCAGATCGTATTCGCGAGTTACTGGATGTTTCACGTGAGCTATCTGGGGTTCGTGATCTATCTATGAATAAAAAATCTTCTGTAGACAATTAT
                             gattaac  putative branch site (score: 2)
                                   ctttctattctcatt  CT-rich tract
       atttgataaatatctt  TA-rich tract