Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccactatgcatgttatctgtaaccaattaggatgattggtgactgcatatgttctgctatttactgcagtcccaaatttatgtgtgttgaatctgtgcagGAAGAACTGGACAACATGGCCAAAACCTACCCTGATCGCTTTAAGATCTACTATGTCTTGAATCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g59930.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g59930.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G133213_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
ccactatgcatgttatctgtaaccaattaggatgattggtgactgca-----tatgttctgctatt-tactgcagtcccaaatttatgtgtgttgaatctgtgcagGAAGAACTGGACAACATGGCCAAAACCTACCCTGATCGCTTTAAGATCTACTATGTCTTGAATCAG
       |  | |||||| | | |  | ||  ||||| |    |||      |||| |  |||    ||||| | |    ||||| | |    |  |    | ||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||
------ggattcttatcttttatctgtcagactgatttgcacatgctctctttatgatgggctgccatactgaatttgataatttctattcaatccaatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTACTATGTGTTGAATCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|117244284|gb|CT843075.1|CT843075
EST:     AAGTTCATTTAGTCTATGCAAATGTCACGCATGACGACATTCTTCTGAAG                         GAAGAACTGGACAACATGGCCAAAACCTACCCTGATCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AAGTTCATTTAGTCTATGCAAATGTCACGCATGACGACATTCTTCTGAAGgtggaatcac ... atctgtgcagGAAGAACTGGACAACATGGCCAAAACCTACCCTGATCGCTTTAAGATCTAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catatgttctgctatttactgcagtcccaaatttatgtgtgttgaatctgtgcagGAAGAACTGGACAACATGGCCAAAACCTACCCTGATCGCTTTAAGATCTACTATGTCTTGAATCAG
                            aaatttatgt  TA-rich tract