1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tttgcatggagttatagctgagccttagcatattttagaagtcaattggagtccaccaatttgttcaatggttctcatacttattatattttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTCTTCGCTGTTCATATTATAAGTTTGTCAAGGAATTGTCCAAGCAATGCAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g54420.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCACTATCAAGACTCAAAAT ATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTCEST: gi|33694089|gb|CF322328.1|CF322328
genomic: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctg ... ttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
EST: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAAT ATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTCEST: gi|58603274|gb|CK013802.1|CK013802
genomic: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctg ... ttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
EST: AAGTCTATTTGACCTGGGAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAAT ATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTCEST: gi|27576674|gb|CA999368.1|CA999368
genomic: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctg ... ttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
EST: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAAT ATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
genomic: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctg ... ttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
ttggagtccaccaatttgttcaatggttctcatacttattatattttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTCTTCGCTGTTCATATTATAAGTTTGTCAAGGAATTGTCCAAGCAATGCAA
tattttcct CT-rich tract
ttctcatacttattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttgcatggagttatagctgagccttagcatattttagaagtcaattggagtccaccaatttgttcaatggttctcatacttattatattttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTCTTCGCTGTTCATATTATAAGTTTGTCAAGGAATTGTCCAAGCAATGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- tgcatgg
- - - - - - - - -ctgagcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tccacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggttct