Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatgttccagaaaaccctaccaacagatttattaatattcaagtatgattttccatatgagcatcactattcacaacactcatttatttttaatgctatttcatcaaaattggtaatacgatgcacctatagGAGACATTGTTTGATGAATTTGTTATTGCCCATGTCTTGGGTTGGTGGGGTAAGGCAGTAATGATACGGAACCAACTTCTCCTATGGGTCTTGTCAGTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g49024.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g49024.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G106850_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtatgtatgttccagaaaaccctaccaacagatttattaatattcaagtatgattttcc--atatgagcatcactattcacaacactcatttatttttaatgctatttcatcaaaattggtaatacgatgcacctatagGAGACATTGTTTGATGAATTTGTTATTGCCCATGTCTTGGGTTGGTGGGGTAAGGCAGTAATGATACGGAACCAACTTCTCCTATGGGTCTTGTCAGTTG---
    ||||||||||||||||||||  ||||  || || |||||| | ||||||||||     ||||| | |  ||| ||     |  ||   ||  ||    |||||  ||| | | ||    || |||  |  | ||||||||||||||||||||||||||   ||||||| || | || ||||  || || || || |||||||| || |||||||| || |||||||||||  | |   
----gtatgttccagaaaaccctaaaaacaagttcataaatatttatgtatgattttttttgtatgaaccttcctactctatgaagacacacatgctttgctctattaaatctatactg----tatgatctatgtgtagGAGACATTGTTTGATGAATTTGT---TGCCCATATCCTTGGGTGGTTTGGCAAAGCTGTGATGATACGAAATCAACTTCTACTTTGGGTCTTGTCGATCGGCT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actcatttatttttaatgctatttcatcaaaattggtaatacgatgcacctatagGAGACATTGTTTGATGAATTTGTTATTGCCCATGTCTTGGGTTGGTGGGGTAAGGCAGTAATGATACGGAACCAACTTCTCCTATGGGTCTTGTCAGTTG
          ttttaat  putative branch site (score: 3)
     tttatttttaatgcta  TA-rich tract