Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtactactttaagtaaacatgttctttatgtgtgtgttttgggttaatttggttgctttctatttgtgcctagttaacttttcttttcaagattcctttacttctgttatgtgtatgtgtaccttttcattatgtcagAGAGGAACTGAAGATGCTATGCTTTATCTATCACGAGAAGCCCATGATGGAAGAGTAAAGAGTGTCCTCTTCCTTATGCCTTGCCATTCGACACCTTATT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g39810.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g39810.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G103473_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtaagtactactttaagtaaacatgttctttatgtgtgtgttttgggttaatttggttgctttctatttgtgcctagttaacttttcttttcaagattcctttacttctgttatgtgtatgtgtaccttttcattatgtcagAGAGGAACTGAAGATGCTATGCTTTATCTATCACGAGAAGCCCATGATGGAAGAGTAAAGAGTGTCCTCTTCCTTATGCCTTGCCATTCGACACCTTATT
                    |  | |||  ||| |   | |||| |          |||||  ||||   |   | | | |||||| ||    |   ||| ||| |||  ||      || |  | | || |||| || ||||| ||||| ||||||| ||||  |||| | |||  ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| |
------------------gtaggttttccctatttcaatatttttgt--------attgct--ctatgcatctatggatcacttttgttgctta---tccattatttccatttatcccatattcaacatt-cattgtggcagAGGGGAACAGAAGATGTTATGTATTATTTGTCAAAAGAAGCCCATGATGGAAGAGTGAGGAGTGTTCTCTTTCTCATGCCTTGTCATTCAACACCTTACT

upper sequence: LOC_Os01g39810.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G164175_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtaagtactactttaagtaaacatgttctttatgtgtgtgtt-ttgggttaatttggttgctttctatttgtgcctagttaacttttcttttcaagattcctttacttctgtt-atgtgt-atgtgtaccttttcattatgtcagAGAGGAACTGAAGATGCTATGCTTTATCTATCACGAGAAGCCCATGATGGAAGAGTAAAGAGTGTCCTCTTCCTTATGCCTTGCCATTCGACACCTTATT
                              || || |    | ||   ||| ||| ||     |||||   |   | | | |||||| ||    |   ||| ||| |||  || || |   || |  | | || |||| || ||||| ||||| ||||| ||||||  |||| | |||  ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| |
-----------------------------gtaggttttccctatttcattatttttgtattgctctatgcatctatggatcacttttgttgctta---tccattatttccatttatatcccatattcaacatt-cattgtggcagAGGGGAACAGAAGACGCTATGTATTATTTGTCAAAAGAAGCCCATGATGGAAGAGTGAGGAGTGTTCTCTTTCTCATGCCTTGTCATTCAACACCTTACT

upper sequence: LOC_Os01g39810.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G000937_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtaagtactactttaagtaaacatgttctttatgtgtgtgttttgggttaatttggttgctttctatttgtgcctagttaacttttcttttcaagattcctttacttctgttatgtgtatgtgtaccttttcattatgtcagAGAGGAACTGAAGATGCTATGCTTTATCTATCACGAGAAGCCCATGATGGAAGAGTAAAGAGTGTCCTCTTCCTTATGCCTTGCCATTCGACACCTTATT
                    |  | |||  ||| |   |||||| |          |||||  ||||   |   | | | |||||| ||    |   ||| ||| |||  ||      || |  | | || |||| || ||||| ||||| ||||| | ||||  |||| | |||  ||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| |
------------------gtaggttttccctatttcaatgtttttgt--------attgct--ctatgcatctatggatcacttttgttgctta---tccattatttccatttatcccatattcaacatt-cattgtggcagAGGGGAACAGAAGACGTTATGTATTATTTGTCAAAAGAAGCCTATGATGGAAGAGTGAGGAGTGTTCTCTTTCTCATGCCTTGTCATTCAACACCTTACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcaagattcctttacttctgttatgtgtatgtgtaccttttcattatgtcagAGAGGAACTGAAGATGCTATGCTTTATCTATCACGAGAAGCCCATGATGGAAGAGTAAAGAGTGTCCTCTTCCTTATGCCTTGCCATTCGACACCTTATT
                                      ccttttcatt  CT-rich tract
                                        ttttcattat  TA-rich tract