1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaataatcccaactgagtttcctatagagagaaggcaaaataaaaaaggaagtgtactaggtcacttttattctgtttcagttatgtgcatctattgaagaatagggacaacagagatgctcatttcaaactgatcttaaatatgcagtgatatccaaaatatgaacttatcatgttttcagGTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAATTTGCTGAGAGTGCCACCCCGAGAGAGACTTTATCAATCGTCTGGTAACG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g38990.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAG GTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAATEST: gi|88961692|gb|CI096906.1|CI096906
genomic: GCCAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAGgtaataatcc ... atgttttcagGTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAAT
EST: CTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAG GTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAGCATATGACATGATGAAGAATEST: gi|86832509|gb|CI344759.1|CI344759
genomic: CTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAGgtaataatcc ... atgttttcagGTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAAT
EST: CAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAG GTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAATEST: gi|88850057|gb|CI091352.1|CI091352
genomic: CAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAGgtaataatcc ... atgttttcagGTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAAT
EST: GCCAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAG GTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAATEST: gi|86825358|gb|CI360012.1|CI360012
genomic: GCCAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAGgtaataatcc ... atgttttcagGTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAAT
EST: GCCAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAG GTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAATEST: gi|33381014|gb|CF196357.1|CF196357
genomic: GCCAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAGgtaataatcc ... atgttttcagGTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAAT
EST: GCCAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAG GTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAAT
genomic: GCCAGGGGTGGAGGCAACTCTTCGCTGGCCTAAGCCTTAACTATGTGAAGgtaataatcc ... atgttttcagGTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAAT
aaactgatcttaaatatgcagtgatatccaaaatatgaacttatcatgttttcagGTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAATTTGCTGAGAGTGCCACCCCGAGAGAGACTTTATCAATCGTCTGGTAACG
aactgat putative branch site (score: 6)
tgttttc putative PPT
aaaatatgaacttat TA-rich tract