1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gtttgtcaagtagtttgttagtaatttgatcattgaagcatgacttgttttaaaccttggtttcatctcacatctttgttgctcaatatttgaattgcagATACCATATGTTCCTGGAATATCTATGCTAAAGATCCTTAAGGCTATCAAAGTGAAGGAGTGTTTGCTTGATGATTTCATGAAATATGAGGAGGATGAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g22630.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAGAACAATGAAAACAAGCCTGTCACACACAGCAGAGATACACAGGAA ATACCATATGTTCCTGGAATATCTATGCTAAAGATCCTTAAGGCTATCAAAEST: gi|218505169|gb|FG956729.1|FG956729
genomic: GCAGAACAATGAAAACAAGCCTGTCACACACAGCAGAGATACACAGGAAgtaagcattc ... tgaattgcagATACCATATGTTCCTGGAATATCTATGCTAAAGATCCTTAAGGCTATCAAA
EST: TGCAGAACAATGAAAACAAGCCTGTCACACACAGCAGAGATACACAGGAA ATACCATATGTTCCTGGAATATCTATGCTAAAGATCCTTAAGGCTATCAAA
genomic: TGCAGAACAATGAAAACAAGCCTGTCACACACAGCAGAGATACACAGGAAgtaagcattc ... tgaattgcagATACCATATGTTCCTGGAATATCTATGCTAAAGATCCTTAAGGCTATCAAA
tgttttaaaccttggtttcatctcacatctttgttgctcaatatttgaattgcagATACCATATGTTCCTGGAATATCTATGCTAAAGATCCTTAAGGCTATCAAAGTGAAGGAGTGTTTGCTTGATGATTTCATGAAATATGAGGAGGATGAGG
atctcac putative branch site (score: 8)
tcaatatttgaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgtcaagtagtttgttagtaatttgatcattgaagcatgacttgttttaaaccttggtttcatctcacatctttgttgctcaatatttgaattgcagATACCATATGTTCCTGGAATATCTATGCTAAAGATCCTTAAGGCTATCAAAGTGAAGGAGTGTTTGCTTGATGATTTCATGAAATATGAGGAGGATGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgct