Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgcctcttttgtgctaatctgttgattcatcacctttttttttttgcctcatgggattttgcgttgattcctgattctgtcctttctgacgttaaaaaaccattttcactgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g13770.3
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g13770.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G070605_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
gtttgtgcctcttttgtgctaatctgttgattcatcacctttttttttttgcctcatgggattttgcgt-tgattcctgattctgtcctttctgacgttaaaaaaccattttcactgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC
                                                          |  | |||  |  ||||     |  |||| |  |   | ||  |  | | |||      ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||
----------------------------------------------------------gtctgttgtttacgatttgctctcttgtcttaaccatccttcta--atcgtttctggcattgcagACTGACATGGATAGCACCAACGTGTATGCTTACATTTCAATAATTGCTCTCATTGTTTGCATTCCGCCTGCAGTGATC

upper sequence: LOC_Os01g13770.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv10s0003g00300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtttgtgcctcttttgtgctaatctgttgattcatcacctttttttt---tttgcctcat----gggattttgcgttgattcctgattctgtcctttctgacgttaaaaaaccattttcactg-------------ttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC
|||     || || ||  ||   |||||  ||| |     |  | ||   |    | ||     | |    |   ||||     | |  | |||| | |  |   ||||  |   ||  | ||             ||||||||||| ||||| || || ||| | ||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||||| ||  | || 
gttatcttctattctgctcttgactgttttttcttttttctggtcttgaataaaacacacataggtggcaatagcttgagaagagctattttcctctgtacctcaaaaattctccttctaatgaatgaatgggtttttgcagACTGACATGGACAGTACTAATATCTATGCTTATATTTCCATCATTGCTCTCATTGTCTGCATTCCACCGGCTCTCATT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29661885|gb|CB658160.1|CB658160
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29687904|gb|CB684179.1|CB684179
EST:     CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|325493498|gb|JG458022.1|JG458022
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29679987|gb|CB676262.1|CB676262
EST:     TCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|55408699|gb|CV721075.1|CV721075
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29685328|gb|CB681603.1|CB681603
EST:     CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29666541|gb|CB662816.1|CB662816
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29671527|gb|CB667802.1|CB667802
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|84117005|gb|CD150772.1|CD150772
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGGCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29616354|gb|CB621366.1|CB621366
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29616223|gb|CB621235.1|CB621235
EST:     CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTT
genomic: CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|58690439|gb|CK079126.1|CK079126
EST:     CAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTT
genomic: CAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29663112|gb|CB659387.1|CB659387
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|313084102|gb|HO213885.1|HO213885
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29618840|gb|CB623852.1|CB623852
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29613763|gb|CB618776.1|CB618776
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|56157641|gb|C24843.2|C24843
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29658696|gb|CB654971.1|CB654971
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29659419|gb|CB655694.1|CB655694
EST:     CAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: CAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|44677263|gb|CR290697.1|CR290697
EST:     TCTAACATCTCATTCACTTAACCGGAGCATTTATTCCAACGAAAGCTATG                         ACTGATATGGGTAGCGCCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTT
genomic: TCTAACATCTCATTCACTT-ACCGGAGCATTTATTCCAA-GAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29662714|gb|CB658989.1|CB658989
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29663111|gb|CB659386.1|CB659386
EST:     CCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCGTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: CCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29671609|gb|CB667884.1|CB667884
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29685820|gb|CB682095.1|CB682095
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29685985|gb|CB682260.1|CB682260
EST:     TCTTTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29660916|gb|CB657191.1|CB657191
EST:     TCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29657796|gb|CB654071.1|CB654071
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29643944|gb|CB648951.1|CB648951
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29661884|gb|CB658159.1|CB658159
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|25797136|gb|CA753097.1|CA753097
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29643945|gb|CB648952.1|CB648952
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29656095|gb|CB652370.1|CB652370
EST:     CAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: CAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29683569|gb|CB679844.1|CB679844
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29658105|gb|CB654380.1|CB654380
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29655875|gb|CB652150.1|CB652150
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29636760|gb|CB641769.1|CB641769
EST:     TCTCTAACATCTCATTCAC-TACCGGAGCA-TTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|29642430|gb|CB647437.1|CB647437
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: gi|88342868|gb|CI640201.1|CI640201
EST:     TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG                         ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgattcctgattctgtcctttctgacgttaaaaaaccattttcactgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC
                     ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                        ttttcact  putative PPT
                             ttaaaaaaccatttt  TA-rich tract