1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...cttttccttgttaatagttatttttttcccctgttttagtacagttgatcaacctaaacacatggaactgatgcatgagttaccatgtaatatatttcagGTCATTTTCTGCCAGAAGAAGATGATAAATATCTTGAGCGTGTTAAGGCTGCAGTTGAGGAAGAGGAGCGCCAAGCTGCAAGTGCTGCTCGGACTGATGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g12670.4 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAACTACAGGAGCTTCGCTCTATGAGAGTTCAAAAAATGAAGAAACAAG GTCATTTTCTGCCAGAAGAAGATGATAAATATCTTGAGCGTGTTAAGGCTG
genomic: GAAACTACAGGAGCTTCGCTCTATGAGAGTTCAAAAAATGAAGAAACAAGgcaggatata ... tatatttcagGTCATTTTCTGCCAGAAGAAGATGATAAATATCTTGAGCGTGTTAAGGCTG
tgatcaacctaaacacatggaactgatgcatgagttaccatgtaatatatttcagGTCATTTTCTGCCAGAAGAAGATGATAAATATCTTGAGCGTGTTAAGGCTGCAGTTGAGGAAGAGGAGCGCCAAGCTGCAAGTGCTGCTCGGACTGATGC
aactgat putative branch site (score: 14)
atgtaatatatttca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttttccttgttaatagttatttttttcccctgttttagtacagttgatcaacctaaacacatggaactgatgcatgagttaccatgtaatatatttcagGTCATTTTCTGCCAGAAGAAGATGATAAATATCTTGAGCGTGTTAAGGCTGCAGTTGAGGAAGAGGAGCGCCAAGCTGCAAGTGCTGCTCGGACTGATGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - tcccctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acctaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catggaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taccatg