Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatgcatcttgaatcgacaccttatcaaatgtttcattgattttcgtgacttctaataaaatggtagttttccatctgaattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g09300.3
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g09300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G147882_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtaaatgcatcttgaatcgacaccttatcaaatgtttcattgattttcgtgacttctaataaaatggtagttttccatctgaattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG
|||| | || |||||| |||  |||| ||    | ||   | |||    |   ||  |       |||     ||  |  || |  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||  | |||||
gtaa-tacaccttgaaccgatgccttctctggcggtt---ttattcggatctgtttcagccggg-ggtttcactcgtttggattcctgcagATATGCAAGGACAAGAACGCTCAGCCTCAACTGTGGGAATACGTAGCTCCGTTGAAAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29638841|gb|CB643850.1|CB643850
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|29662625|gb|CB658900.1|CB658900
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|25803965|gb|CA759926.1|CA759926
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|33690409|gb|CF318648.1|CF318648
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|29615163|gb|CB620176.1|CB620176
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|300215975|gb|HO088601.1|HO088601
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|29678794|gb|CB675069.1|CB675069
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|29615162|gb|CB620175.1|CB620175
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|58597848|gb|CK008376.1|CK008376
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|38473536|gb|CF957668.1|CF957668
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATAATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|27546279|gb|CA767193.2|CA767193
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|29665424|gb|CB661699.1|CB661699
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|29655813|gb|CB652088.1|CB652088
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT
EST: gi|33677763|gb|CF306002.1|CF306002
EST:     ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAA                         ATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTATTTTCT
genomic: ATTATGGCCTAATCACTCTACTGGCAACCGATGATGTAGTTGGTCTCCAAgtaaatgcat ... aattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcattgattttcgtgacttctaataaaatggtagttttccatctgaattatgcagATATGCAAGGACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG
                 ttctaat  putative branch site (score: 2)
               acttctaataaaat  TA-rich tract