1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ctcttatggcagttgaagaaattacaatatgttccctgagattatgtttgttttatgatattaattgtttaccttgctctaattcttcctttccatgcagATGAATTCTTTAAGATCACTGCTTAAAGTATGCCATCAGCTTCCTGACAGAGATAACAGATTAGTTGCCTATCAGGCTAGCCGATTCAATGCTAAGACTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g19304.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: NCGAAGGTTGCTCTATACAT-GGGGNTGCGCTTCATGCCCATACATGAAG ATGAATTCTTTAAGATCACTGCTTAAAGTATGCCATCAGCTTCCTGACAGAEST: gi|58602344|gb|CK012872.1|CK012872
genomic: GCGAAGGTTGCTCTATACATGGGGGCTGCGCTTCATGCCCATACATGAAGgttggtggtg ... ttccatgcagATGAATTCTTTAAGATCACTGCTTAAAGTATGCCATCAGCTTCCTGACAGA
EST: GCGAAGGTTGCTCTATACATGGGGGCTGCGCTTCATGCCCATACATGAAG ATGAATTCTTTAAGATCACTGCTTAAAGTATGCCATCAGCTTCCTGAC
genomic: GCGAAGGTTGCTCTATACATGGGGGCTGCGCTTCATGCCCATACATGAAGgttggtggtg ... ttccatgcagATGAATTCTTTAAGATCACTGCTTAAAGTATGCCATCAGCTTCCTGAC
gtttgttttatgatattaattgtttaccttgctctaattcttcctttccatgcagATGAATTCTTTAAGATCACTGCTTAAAGTATGCCATCAGCTTCCTGACAGAGATAACAGATTAGTTGCCTATCAGGCTAGCCGATTCAATGCTAAGACTC
tttaccttgctctaat CT-rich tract
ttttatgatattaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctcttatggcagttgaagaaattacaatatgttccctgagattatgtttgttttatgatattaattgtttaccttgctctaattcttcctttccatgcagATGAATTCTTTAAGATCACTGCTTAAAGTATGCCATCAGCTTCCTGACAGAGATAACAGATTAGTTGCCTATCAGGCTAGCCGATTCAATGCTAAGACTC
-tcttatg
- - - - - - - gaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - -ttccctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttatgat