1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatttttctttgagttaggattgttctcatgttgcaacaattaacacacatcttatggtcttgttttttatgaattgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g15470.3 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAG GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGEST: gi|117240321|gb|CT842747.1|CT842747
genomic: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAGgtatttttct ... tgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
EST: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAG GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGEST: gi|29668081|gb|CB664356.1|CB664356
genomic: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAGgtatttttct ... tgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
EST: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAG GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGEST: gi|88721922|gb|CI743434.1|CI743434
genomic: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAGgtatttttct ... tgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
EST: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAG GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGEST: gi|33801783|gb|CF326764.1|CF326764
genomic: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAGgtatttttct ... tgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
EST: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAG GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGEST: gi|88399116|gb|CI603783.1|CI603783
genomic: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAGgtatttttct ... tgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
EST: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAG GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGEST: gi|86905526|gb|CI285489.1|CI285489
genomic: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAGgtatttttct ... tgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
EST: TTTCGCAATGAA--TGTC-AAG GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAGEST: gi|4715276|gb|AU056393.1|AU056393
genomic: TTTCGC-ATGAAGTTGTCAAAGgtatttttct ... tgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
EST: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAG GATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
genomic: GTCGTATGCTGGGGTTTATGTTCCTACTCTTTCGCATGAAGTTGTCAAAGgtatttttct ... tgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
gttgcaacaattaacacacatcttatggtcttgttttttatgaattgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
aattaac putative branch site (score: 2)
ttgttttttatgaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatttttctttgagttaggattgttctcatgttgcaacaattaacacacatcttatggtcttgttttttatgaattgttatgcagGATTACATGATGGAGTGAAGCCTACAATAAACTTCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC