Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccttctttctgataatttgtgagtaaaggaatgcagtatatctgtatgttttaaggattcatttttttcaacaaagttatttatgctacattaattgcagTTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATGTTTATTGATGTGGATATTATGAGCATTGATATTCAAGTTGTTCTTGGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g13590.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os12g13590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA16G01660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
------------ccttctttctgataatttgtgagtaaagg----aatgcagtatatctgtatgttttaaggattcatttttttcaacaaagttatttatgctacattaattgcagTTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATGTTTATTGATGTGGATATTATGAGCATTGATATTCAAGTTGTTCTTGGTG
              || |   | || |  | |||||  |      ||   |  | || |  |  ||||    | | | |      |   || | | |||  |||  |  | ||||||| ||| | || || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||     || | | |  | ||||||||||
gtaataaagttttgttgtacataattacatttgagtgcacctactaacatatcaaatgttgaatttttggtaaattagtgcaactatttaactaaatta--ctatttgtaatgcagTTTAACAGGGGTACAAGTGCCATGCAACATTATGTGGCAACACGTCCAATGTTTATTGATGTGGAAATAATGAATGCAGACACTAAGCTGGTTCTTGGTG

upper sequence: LOC_Os12g13590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA07G05160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
------------ccttctttctgataatttgtgagta----aaggaatgcagtatat-ctgtatgttttaaggattcatttttttcaacaaagttatttatgctacattaattgcagTTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATGTTTATTGATGTGGATATTATGAGCATTGATATTCAAGTTGTTCTTGGTG
              || |   | || |  | ||| |     ||  ||   |  | || ||| || |||     ||   |     |    || |  ||| ||  |   |  | ||||||| ||| | || || ||||| |||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||| || ||||     || | | |  | ||||||||||
gtaataaagttttgttgtacataattacatttgaatgcaccaactaacatatcaaatgctgaatttttggtaaataagtgcaactatttaacgaaattaatatt---tgcaatgcagTTTAACAGGGGTACAAGTGCCATGCAACATTATGTGGCTACTCGTCCAATGTTCATTGATGTGGAAATAATGAATGCAGACACTAAGCTGGTTCTTGGTG

upper sequence: LOC_Os12g13590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT5G12370.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
-ccttctttctgataatttgtgagtaaaggaatgca-gtatatctgtatgttttaaggattcatttttttcaacaaagttatttatgctacattaattgcagTTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATGTTTATTGATGTGGATATTATGAGCATTGATATTCAAGTTGTTCTTGGTG
      | |     ||  ||| |   |||||||| | || ||  | |   | ||    ||    || ||   ||  ||| |||| | || | | | || ||||| ||| | || || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||     || |||    | ||||||||||
gttaattctacataaagctgtcacagaaggaatggatgtctagttct-cctcttgtacatatggttcttgatacttagt-attttttcttcttgattttcagTTTAACAGGGGTACAAGTGCTATGCAACATTATGTGGCTACACGTCCAATGTTTATTGATGTGGAAGTCATGAATTCAGACATTAGGTTGGTTCTTGGTG

upper sequence: LOC_Os12g13590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv15s0046g02200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
----ccttctttctgataatttgtgagtaaaggaatgcagtatatctgtatgttttaaggattcatttttttcaacaaagttatttatgctacattaattgcagTTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATGTTTATTGATGTGGATATTATGAGCATTGATATTCAAGTTGTTCTTGGTG
      |  |||| | | |  | | | ||||       || |  | |  |  | || | |  |   |  | ||  | ||    | | |  |    ||  ||||||| ||| | || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||     ||||    | | ||||||||||
atggtgtagtttcaggttagatat-aataaatttgccaagaaattgtcaagctattgaaggatttctactctcttctaacccctatgtttt-tgcta--tgcagTTTAACAGGGGCACCAGTGCAATGCAGCATTATGTGGCAACACGTCCAATGTTTATTGATGTGGAGGTCATGAATGCAGATACCAGATTGGTTCTTGGTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29632378|gb|CB637387.1|CB637387
EST:     AGAGGCGGGAGATGTCTACGATGGCAGAATGTGCTAAAATTTTGTCACAG                         TTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATG
genomic: AGAGGCGGGAGATGTCTACGATGGCAGAATGTGCTAAAATTTTGTCACAGgtgtgtattc ... ttaattgcagTTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATG
EST: gi|58677372|gb|CK066059.1|CK066059
EST:     AGAGGCGGGAGATGTCTACGATGGCAGAATGTGCTAAAATTTTGTCACAG                         TTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATG
genomic: AGAGGCGGGAGATGTCTACGATGGCAGAATGTGCTAAAATTTTGTCACAGgtgtgtattc ... ttaattgcagTTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATG
EST: gi|29669744|gb|CB666019.1|CB666019
EST:     ACAGGCGGGAGATGTCTACGATGGCAGAATGTGCTAAAATTTTGTCACAG                         TTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATG
genomic: AGAGGCGGGAGATGTCTACGATGGCAGAATGTGCTAAAATTTTGTCACAGgtgtgtattc ... ttaattgcagTTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgttttaaggattcatttttttcaacaaagttatttatgctacattaattgcagTTCAACCGCGGAACCAGTGCTATGCAACATTATGTTGCAACACGGCCAATGTTTATTGATGTGGATATTATGAGCATTGATATTCAAGTTGTTCTTGGTG
                                           cattaat  putative branch site (score: 3)
           attcatttttttcaac  TA-rich tract