1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tgcatctcctagtgcagatctaacttgtttaatctatttttgtttcttcattatgattggccatgcttagaaatgctgattgttacactatctcctttagAGTCAAGGAAGATGCTTGGCTGATCTATGTGGAGCACTTCACTGTGATCTGATGTTGGAGTTTAAGAAACCAAAGAGTAAATGCAGTGCAACTGCAGCTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g13130.4 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTTCCTTGATCAGCATTTTCACAATCGGCACAATAATCTTGTGGATAAT AGTCAAGGAAGATGCTTGGCTGATCTATGTGGAGCACTTCACTGTGATCTGEST: gi|29645769|gb|CB650776.1|CB650776
genomic: AGTTCCTTGATCAGCATTTTCACAATCGGCACAATAATCTTGTGGATAATgtatgattct ... tctcctttagAGTCAAGGAAGATGCTTGGCTGATCTATGTGGAGCACTTCACTGTGATCTG
EST: AGTTCCTTGATCAGCATTTTCACAATCGGCACAATAATCTTGTGGATAAT AGTCAAGGAAGATGCTTGGCTGATCTATGTGGAGCACTTCACTGTGATCTG
genomic: AGTTCCTTGATCAGCATTTTCACAATCGGCACAATAATCTTGTGGATAATgtatgattct ... tctcctttagAGTCAAGGAAGATGCTTGGCTGATCTATGTGGAGCACTTCACTGTGATCTG
cttcattatgattggccatgcttagaaatgctgattgttacactatctcctttagAGTCAAGGAAGATGCTTGGCTGATCTATGTGGAGCACTTCACTGTGATCTGATGTTGGAGTTTAAGAAACCAAAGAGTAAATGCAGTGCAACTGCAGCTG
tgctgat putative branch site (score: 3)
ctatctccttt putative PPT
ttatgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcatctcctagtgcagatctaacttgtttaatctatttttgtttcttcattatgattggccatgcttagaaatgctgattgttacactatctcctttagAGTCAAGGAAGATGCTTGGCTGATCTATGTGGAGCACTTCACTGTGATCTGATGTTGGAGTTTAAGAAACCAAAGAGTAAATGCAGTGCAACTGCAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
tgcatct
- - - - ctagtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgat