1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtactatgcttgtttcatgaatactatctactaatgttgttgtagtaggaggcttcaaaggctaatgtgggctgtttgtatcagACCAAAAGGGATGATGCGACCACTGTGATCCAAAGAGAGGAGTGGGCAAAGTCGAGGCAAGATGTGGAGAAGCACTTTAGGAAGCTCCGCGACTTTGACT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g01950.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTTGCTACTCATACGAGATGGAGGGGAATCATTCAGAATAATCGACAAG ACCAAAAGGGATGATGCGACCACTGTGATCCAAAGAGAGGAGTGGGCAAAGEST: gi|87028017|gb|CI257177.1|CI257177
genomic: ACTTGCTACTCATACGAGATGGAGGGGAATCATTCAGAATAATCGACAAGgtactatgct ... tttgtatcagACCAAAAGGGATGATGCGACCACTGTGATCCAAAGAGAGGAGTGGGCAAAG
EST: ACTTGCTACTCATACGAGATGGAGGGGAATCATTCAGAATAATCGACAAG ACCAAAAGGGATGATGCGACCACTGTGATCCAAAGAGAGGAGTGGGCAAAG
genomic: ACTTGCTACTCATACGAGATGGAGGGGAATCATTCAGAATAATCGACAAGgtactatgct ... tttgtatcagACCAAAAGGGATGATGCGACCACTGTGATCCAAAGAGAGGAGTGGGCAAAG
actaatgttgttgtagtaggaggcttcaaaggctaatgtgggctgtttgtatcagACCAAAAGGGATGATGCGACCACTGTGATCCAAAGAGAGGAGTGGGCAAAGTCGAGGCAAGATGTGGAGAAGCACTTTAGGAAGCTCCGCGACTTTGACT
tttgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactatgcttgtttcatgaatactatctactaatgttgttgtagtaggaggcttcaaaggctaatgtgggctgtttgtatcagACCAAAAGGGATGATGCGACCACTGTGATCCAAAGAGAGGAGTGGGCAAAGTCGAGGCAAGATGTGGAGAAGCACTTTAGGAAGCTCCGCGACTTTGACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC