1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...taaattcatcttaaatcgagatctacatgttaaaaatatccacatgtactgtttatgcttgtttttgtactattttgttgattttgttcatttgctatagTTTCCGACGTTCCGGAGGAGAGCGTTTACGTTGAGGAAGGTTCAGAAGCGTTTGAAGAAGCTCAAGGCAAGTCACATAGATCCCAAACAACCTTTTGAGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g22550.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gtactgtttatgcttgtttttgtactattttgttgattttgttcatttgctatagTTTCCGACGTTCCGGAGGAGAGCGTTTACGTTGAGGAAGGTTCAGAAGCGTTTGAAGAAGCTCAAGGCAAGTCACATAGATCCCAAACAACCTTTTGAGC
tgttgat putative branch site (score: 4)
ttcattt putative PPT
tttttgtactatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaattcatcttaaatcgagatctacatgttaaaaatatccacatgtactgtttatgcttgtttttgtactattttgttgattttgttcatttgctatagTTTCCGACGTTCCGGAGGAGAGCGTTTACGTTGAGGAAGGTTCAGAAGCGTTTGAAGAAGCTCAAGGCAAGTCACATAGATCCCAAACAACCTTTTGAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - acatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - -aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgttga