Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggaatttagacatggttatctgatctttgattttcatgtgcctctattggctattgagtgtcaactttgcatatgaggacatgtgatagttattgctatttaaccttttgtagATGCTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAACTGAGAAGAATGTGCGTTCCAAATTCCTTAATGGTATTACTTCTGCGAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g05930.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g05930.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G488465_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaaggaatttagacatggttatctgatctttgattttcatgtgcctctattggctat---tgagtgtcaactttgcatatgaggacatgtgatagttattgcta-tttaaccttttgtagATGCTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAACTGAGAAGAATGTGCGTT-----CCAAATTCCTTAATGGTATTACTTCTGCGAA
|||||||||| |||| ||||||  | || ||   ||  | ||||| ||| ||| | ||   | |||||   |    |   || | |||||  ||||| ||| ||| ||| | |   || || ||||||||||||||    ||| |  ||  |||   | ||| ||| || ||| |       | |||        |  |     |||  | || | | |    || 
gtaaggaattgagacctggttacataattttatgttaacttgtgc-tctgttgtccatgagttagtgtgtgccactctattgtgcacatgcaatagtaatttctaatttcatcacatgcagGTGCTCCAAGTGGAA----GTGAGAAGAATGTGCGGTCCAAATGCCTT-AACGGTATTACTTCTGCAAAGGTGGCTGAGCAAATTATGGATAATGCCTTGAGGAT

upper sequence: LOC_Os11g05930.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G135446_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaaggaatttagacatggttatctgatctttgattttcatgtgcctctattggctattgagtgtcaactttgcatatgaggacatgtgatagttatt-gctatttaaccttttgtagATGCTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAACTGAGAAGAATGTGC----GTTCCAAATTCCTTAATGG-TATTACTTCTGCGAA
             ||||| || | ||    || | ||  |||  |   |   ||  | | |||||   || | |   || | ||||||   ||| ||| | ||||| |     || || ||||||||||| ||    ||| |  ||  |||   | ||| ||| || ||  |       | |||    ||  |  |     |||||| || | | |    || 
------------cacatgattttatg----ttaactt--atgctctgttgccggtaagttagtgtgtgctattctattgtgcacatgtagcagtaatttgttatttcattgcatgcagGTGCTCCAAGTGAAA----GTGAGAAGAATGTGCGTTCCAAATGCCTT-AATGGTATTACTTCTGCAAAGGTGGCTGAGCAAATAATGGATAATGCCTTGAGGAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29630671|gb|CB635680.1|CB635680
EST:     TTTCATTGATGGAATGAACACAAAATCACATGCATTAAAGGGTAATGATG                         ATGCTCCAAGTGGAAATGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAA
genomic: TTTCATTGATGGAATGAACACAAAATCACATGCATTAAAGGGTAATGATGgtaaggaatt ... ccttttgtagATGCTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAA
EST: gi|29638597|gb|CB643606.1|CB643606
EST:     TTTCATTGATGGAATGAACACAAAATCACATGCATTAAAGGGTAATGATG                         ATGCTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAA
genomic: TTTCATTGATGGAATGAACACAAAATCACATGCATTAAAGGGTAATGATGgtaaggaatt ... ccttttgtagATGCTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAA
EST: gi|33678541|gb|CF306780.1|CF306780
EST:     TTTCATTGATGGAATGAACACAAAATCACATGCATTAAAGG--A-TG---                         ---CTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAA
genomic: TTTCATTGATGGAATGAACACAAAATCACATGCATTAAAGGGTAATGATGgtaaggaatt ... ccttttgtagATGCTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAA
EST: gi|5803459|gb|AI978429.1|AI978429
EST:     TTTCATTGATGGAATGAACACAAAATCACATGCATTAAAGGGTAATGATG                         ATGCTCCAAGTGGAAATGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAA
genomic: TTTCATTGATGGAATGAACACAAAATCACATGCATTAAAGGGTAATGATGgtaaggaatt ... ccttttgtagATGCTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtcaactttgcatatgaggacatgtgatagttattgctatttaaccttttgtagATGCTCCAAGTGGAAACGCGTGTGGTGATAGTGAACTACAAGTGCTTTCAACTGAGAAGAATGTGCGTTCCAAATTCCTTAATGGTATTACTTCTGCGAA
                                       atttaac  putative branch site (score: 3)
                                             ccttttgt  CT-rich tract
                               ttattgctatttaa  TA-rich tract