1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...aatatgtagacacgctagtgcaacatttcttttgtttctttgacatcattagccttacatttgatgccttgtgtaagctttaacaatttggccattgcagGACGGCAGTGTGTCGATCCTTAAGTTTGACCATGAGAAAGAGAAGCCAGCTTCTGTTCAACGAGCATTGTCTGTCCTTGAGATGGAAGTTGAGCAGATAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g03900.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATACCAAGAATTATTTGGCTATCGAAGATGATGAAATTGTTCATATTAAG GATGGCAGTGTGTCTATCCTTAAGTTTGACCATGAGAAAGAGAAGCCAGCTEST: gi|112785889|gb|EE591621.1|EE591621
genomic: ATACCAAGAATTATTTGGCTATCGAAGATGATGAAATTGTTCATATTAAGgtactcttca ... gccattgcagGACGGCAGTGTGTCGATCCTTAAGTTTGACCATGAGAAAGAGAAGCCAGCT
EST: ATACCAAGAATTATTTGGCTATCGAAGATGATGAAATTGTTCATATTAAG GATGGCAGTGTGTCTATCCTTAAGTTTGACCATGAGAAAGAGAAGCCAGCTEST: gi|58689738|gb|CK078425.1|CK078425
genomic: ATACCAAGAATTATTTGGCTATCGAAGATGATGAAATTGTTCATATTAAGgtactcttca ... gccattgcagGACGGCAGTGTGTCGATCCTTAAGTTTGACCATGAGAAAGAGAAGCCAGCT
EST: ATACCAAGAATTATTTGGCTATCGAAGATGATGAAATTGTTCATATTAAG GACGGCAGTGTGTCGATCCTTAAGTTTGACCATGAGAAAGAGAAGCCAGCT
genomic: ATACCAAGAATTATTTGGCTATCGAAGATGATGAAATTGTTCATATTAAGgtactcttca ... gccattgcagGACGGCAGTGTGTCGATCCTTAAGTTTGACCATGAGAAAGAGAAGCCAGCT
tcattagccttacatttgatgccttgtgtaagctttaacaatttggccattgcagGACGGCAGTGTGTCGATCCTTAAGTTTGACCATGAGAAAGAGAAGCCAGCTTCTGTTCAACGAGCATTGTCTGTCCTTGAGATGGAAGTTGAGCAGATAA
ctttaac putative branch site (score: 5)
tttaacaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatatgtagacacgctagtgcaacatttcttttgtttctttgacatcattagccttacatttgatgccttgtgtaagctttaacaatttggccattgcagGACGGCAGTGTGTCGATCCTTAAGTTTGACCATGAGAAAGAGAAGCCAGCTTCTGTTCAACGAGCATTGTCTGTCCTTGAGATGGAAGTTGAGCAGATAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
-atatgta
- - - - - - - ctagtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - tgtttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgcc