1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtagtcacctatttttaattccactttacacatatgaacaggagtggctttctaaatttgtttgtgtctgtagGCCTCGAGAGCTTGTGGTTGTGGTACTGAATGGCCTCGGTTGGAGGGTGAAGATGACGGTGCTGAGGATGAGGATGTTAACGAACCTGAGGAAGATCAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g03590.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTGTTTGAAGAAGAAATTTTCGCAGAGAAAG GCCTCGAGAGCTTGTGGTTGTGGTACTGAATGGCCTCGGTTGGAGGGTGAA
genomic: ACTGTTTGAAGAAGAAATTTTCGCAGAGAAAGgtagtcacct ... gtgtctgtagGCCTCGAGAGCTTGTGGTTGTGGTACTGAATGGCCTCGGTTGGAGGGTGAA
ttccactttacacatatgaacaggagtggctttctaaatttgtttgtgtctgtagGCCTCGAGAGCTTGTGGTTGTGGTACTGAATGGCCTCGGTTGGAGGGTGAAGATGACGGTGCTGAGGATGAGGATGTTAACGAACCTGAGGAAGATCAGG
ttctaaa putative branch site (score: 2)
tttctaaatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagtcacctatttttaattccactttacacatatgaacaggagtggctttctaaatttgtttgtgtctgtagGCCTCGAGAGCTTGTGGTTGTGGTACTGAATGGCCTCGGTTGGAGGGTGAAGATGACGGTGCTGAGGATGAGGATGTTAACGAACCTGAGGAAGATCAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA