1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...cttatgaaaccattggaatagtatgactctgcactagataacttaatggctttattatttgccactgaattgttgctcacccatgtaatgtatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATATGACCTGAACAACCGTATATGGCATATCCAAGGAACCTGTGCTCTCAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g42940.4 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG TGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATEST: gi|3763491|gb|AU030243.1|AU030243
genomic: TTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGG-TGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgctcaa ... tatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTAT
EST: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACA-- --T-GAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATEST: gi|66919127|gb|CX105975.1|CX105975
genomic: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgctcaa ... tatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTAT
EST: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG ---AG-GGG-CGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATEST: gi|29641419|gb|CB646426.1|CB646426
genomic: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgctcaa ... tatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTAT
EST: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACA-- --T-GAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATEST: gi|218479871|gb|FG966995.1|FG966995
genomic: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgctcaa ... tatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTAT
EST: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATAGGTGTATGCTAACAAGCAAGACATG ---AG-GGG-CGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTGGGTCTATEST: gi|571720|gb|D41231.1|D41231
genomic: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgctcaa ... tatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTAT
EST: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACA-- --T-GAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTAT
genomic: CTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgctcaa ... tatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTAT
atggctttattatttgccactgaattgttgctcacccatgtaatgtatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATATGACCTGAACAACCGTATATGGCATATCCAAGGAACCTGTGCTCTCAA
tgctcac putative branch site (score: 1)
tttattattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttatgaaaccattggaatagtatgactctgcactagataacttaatggctttattatttgccactgaattgttgctcacccatgtaatgtatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATATGACCTGAACAACCGTATATGGCATATCCAAGGAACCTGTGCTCTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - aaaccat
- - - - - - - - - - - - - ctctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gccactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatgta