Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggaatgcaatccatctgtcttatctatttctgagctaacacatgaaaacaaggagcatattgcttacgcatgaaatgatttgattattcattactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATCTTGTCGAAGATGTTCTTTGCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g39220.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G003076_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
ggaatgcaatccatctgtcttatctatttctgagctaacacatgaaaacaaggagcatat-tgcttacgcatgaaatgatttgattattcattactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATCTTGTCGAAGATGTTCTTTGCAG---------------------------
  ||  |     |    ||  |     ||   ||   |  |||    |   |   |  |  | ||      || | | | ||||  ||  ||   |||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||                           
taaaaactggataataatcacactgggtttgtagtgtattcatttttatttgatactgacattctggtttctggactcagttgac-atcaatgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATTTTGCCAAAGATGTTCTTTGCAGGTATTCCATGTTTCATTAATTCATTTC

upper sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G003076_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
----------------ggaatgcaatccatctg----tcttatctatttctgagctaacacatgaaaacaaggagcatat-tgcttacgcatgaaatgatttgattattcattactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATCTTGTCGAAGATGTTCTTTGCAG
                ||| |  || |    |     ||  |     ||   ||   |  |||    |   |   |  |  | ||      || | | | ||||  ||  ||   |||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||
tcttgagtctgatctcggagtaaaaactggataataatcacactgggtttgtagtgtattcatttttatttgatactgacattctggtttctggactcagTTGAC-ATCAATGTATTTCAGATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATTTTGCCAAAGATGTTCTTTGCAG

upper sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 6
---ggaatgcaatccatctgtcttatctat-ttctgagctaacacatgaaaacaaggagcatattgcttacgcatgaaatgatttgattattcattactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATCTTGTCGAAGATGTTCTTTGCAG
         || |     |||  |   |   || | |  | | ||| | |||  |||| |||  || || |   || | | ||||||  |   || | |||||||||||  ||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||
aaatagtcacactgggcttgttgtgaatgcatttttatttgatacacgtaaaataggaacattctggtttc---tggactcatttgac-accaatgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATCTTGTCAAAGATGTTCTTTGCAG

upper sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G003076_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
ggaatgcaatccatctgtcttatctatttctgagctaacacatgaaaacaaggagcatat-tgcttacgcatgaaatgatttgattattcattactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATCTTGTCGAAGATGTTCTTTGCAG
  ||  |     |    ||  |     ||   ||   |  |||    |   |   |  |  | ||      || | | | ||||  ||  ||   |||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||
taaaaactggataataatcacactgggtttgtagtgtattcatttttatttgatactgacattctggtttctggactcagttgac-atcaatgtatttcagATAATTCTATGGTTGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGGTCATTTTGCCAAAGATGTTCTTTGCAG

upper sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G02180.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
ggaatgcaatccatctgtcttatctatttctgagctaacacatgaaaacaaggagcatattgcttacg-catgaaatgatttgatt-attcattactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATCTTGTCGAAGATGTTCTTTGCAG
                        ||||  ||   |     |  ||   |||     | ||  |   | ||||  ||   ||  |  ||  ||||||| |||||     ||||| ||||| | |||||||| || |||||||||||| | ||| | || ||||||||||||||||
-----------------------gtattcttgcaatctttaagaaatttaagtttggtttttgtggggtcatggcatatcttattggatgtattacttccagATTGCTCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAGCCTGTTCGAGTTATGGTAATCCTATCTAAGATGTTCTTTGCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5002917|gb|AU068026.1|AU068026
EST:     TTTCTATTGGATCAATGCTGGGGATCTATGCCAATTCAG                         NTAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAACCCAGTNCGAGTTATGATCAT
genomic: TTTCTATTGGATCAATGCT-GTGATCTATG-CAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCAT
EST: gi|87035694|gb|CI190316.1|CI190316
EST:     GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAGACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|87035709|gb|CI190331.1|CI190331
EST:     TATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAGACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: TATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|29664023|gb|CB660298.1|CB660298
EST:     GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|218501789|gb|FG963428.1|FG963428
EST:     GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|11118168|gb|AU163356.1|AU163356
EST:     CTTAGGCCCANCTTTCTATTGGNATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: CTTAGG-CCAACTTTCTATTGG-ATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|29663945|gb|CB660220.1|CB660220
EST:     GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|11173257|gb|AU164690.1|AU164690
EST:     CTATTGGATCCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCANTTCGAGTTATGATCATC
genomic: CTATTGGAT-CAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|218494016|gb|FG950655.1|FG950655
EST:     GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|218483378|gb|FG949318.1|FG949318
EST:     GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|87035684|gb|CI190306.1|CI190306
EST:     GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAGACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
EST: gi|29663981|gb|CB660256.1|CB660256
EST:     GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATTTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGGATGGTTTTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCAT
genomic: GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTAT-GGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCAT
EST: gi|29659575|gb|CB655850.1|CB655850
EST:     GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAG                         ATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC
genomic: GGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 64 (upstream exon), 70 (downstream exon)
Score: 21

GCGCGTGCAATGTCCACTGATGGGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactg ... ttactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATCTTGTCGAAGATGTTCTTTGCAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaacaaggagcatattgcttacgcatgaaatgatttgattattcattactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATCTTGTCGAAGATGTTCTTTGCAG
                                             ttactttc  CT-rich tract
                           aaatgatttgattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggaatgcaatccatctgtcttatctatttctgagctaacacatgaaaacaaggagcatattgcttacgcatgaaatgatttgattattcattactttcagATAATATTATGGATGGTTCTATGGTGGAAACCAGTTCGAGTTATGATCATCTTGTCGAAGATGTTCTTTGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
-gaatgca
- - - - - -catctgt
- - - - - - - - - - - - - tttctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgaa