1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...catggtagcaagttcgaatggtttttggaacagaatcacatatgatgttttgtctagattgctgattttgtatgttcaactttcttttatatgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGGAGAGCTGGACGCTGGAGGGGTCTTTACTGGATTGTTGCAAGTTGGTCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g38900.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAG GTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGEST: gi|88233198|gb|CI233047.1|CI233047
genomic: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAGgtatcatcct ... atgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGG
EST: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAG GTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGEST: gi|86496516|gb|CI139149.1|CI139149
genomic: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAGgtatcatcct ... atgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGG
EST: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAG GTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGEST: gi|87031815|gb|CI272516.1|CI272516
genomic: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAGgtatcatcct ... atgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGG
EST: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAG GTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGEST: gi|88838417|gb|CI374965.1|CI374965
genomic: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAGgtatcatcct ... atgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGG
EST: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAG GTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGEST: gi|86412641|gb|CI067046.1|CI067046
genomic: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAGgtatcatcct ... atgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGG
EST: TACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAG GTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGEST: gi|86434072|gb|CI094415.1|CI094415
genomic: TACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAGgtatcatcct ... atgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGG
EST: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAG GTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGEST: gi|86867644|gb|CI342645.1|CI342645
genomic: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAGgtatcatcct ... atgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGG
EST: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGGTCCTGGTGGCAAGTTATTGCAG GTTAATAAGACTATGGAGCTGGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTGTGG
genomic: GATACTATGGGCTTGCGATCTTTTGTTGCTGGTGGCAAGTTATTGCAGgtatcatcct ... atgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGG
tgttttgtctagattgctgattttgtatgttcaactttcttttatatgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGGAGAGCTGGACGCTGGAGGGGTCTTTACTGGATTGTTGCAAGTTGGTCA
tgctgat putative branch site (score: 9)
aactttcttttatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catggtagcaagttcgaatggtttttggaacagaatcacatatgatgttttgtctagattgctgattttgtatgttcaactttcttttatatgtcaccagGTTAATAAGACTATGGAGCTTGTATTTGCGAGCTATTCTTTTGATGTTTGGGAGAGCTGGACGCTGGAGGGGTCTTTACTGGATTGTTGCAAGTTGGTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - gtttttg
- - - - - - - - - - - - - -gaacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtatg