Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtcaatctggaaccatccttttttgataaaaaaaaatgcatgtgtatgtgtgtgtatatatacttctgacctatgtctagattcgtagccaaaatttattttttttaaggacagaaggtgtatataccatctctctatcttttgctcacgaagttttttttttctccttgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGCAAGCTGGTCCGCTTGGAAATGTGCAAGGAGAACTGATTGTGAGAAAGGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g35460.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g35460.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA19G04210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtaagtcaatctggaaccatccttttttgataaaaaaaaatgcatgtgtatgtgtgtgtatatatacttctgacctatgtctagattcgtagccaaaatttattttttttaaggacagaaggtgtatataccatctctctatcttttgctcacgaagttttttttttctccttgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGCAAGCTGGTCCGCTTGGAAATGTGCAAGGAGAACTGATTGTGAGAAAGGA
                                                                               ||   |   |||     ||  |||| || ||     || ||     || |   || | | ||       |  |   | | ||  | |        | |   |||||||||  | ||||| |||||||| |||  |||| ||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||  ||||||  |  | ||||||||
-------------------------------------------------------------------------------tcataaactgtatgagcaacatattcttattttcaccataaataacatgt---atttttgtagaggcgccaaaatgattattgatctaagttacttttaacagATGATACAGCAATGCTTTGGGGAGTTAAGTTCTACAATGATTTTCTCATGCAAGCTGGCCCTCTTGGTAATGTACAATCAGAACTACTATTCAGAAAGGA

upper sequence: LOC_Os10g35460.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv14s0083g01160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtaagtcaatctggaaccatccttttttgataaaaaaaaatgcatgtgtatgtgtgtgtatatatacttctgacctatgtc-tagattcgta-gccaaaatttattttttttaaggacagaaggtgtatataccatctctctatcttttgctcacgaagttttttttttctccttgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGCAAGCTGGTCCGCTTGGAAATGTGCAAGGAGAACTGATTGTGAGAAAGGA
                                                                            || || | | || | | | |||||| |   | |||        |       | |||       |  | | |  |   |  ||||| |||||| |            |||||||||| | ||||||||||| || |||  |||| ||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||| ||   ||| ||  |  |  | |||||
----------------------------------------------------------------------------atatcatcgctttgcatgacaaaatgtgcatgtttccctttttggtttatgacatattgaaaattgaacatgggtataacaagttcttttttcc--------caacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGCAAGCTGGCCCTCTTGGAAATGTACAGTCAGAGCTACTCTTTCGGAAGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88505107|gb|CI432613.1|CI432613
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|86537703|gb|CI177909.1|CI177909
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|86598453|gb|CI355070.1|CI355070
EST:     TTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: TTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|33675544|gb|CF303783.1|CF303783
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|88218241|gb|CI218090.1|CI218090
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|88253094|gb|CI351720.1|CI351720
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|88257253|gb|CI359641.1|CI359641
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|88457218|gb|CI531817.1|CI531817
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|86420710|gb|CI056699.1|CI056699
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACGATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|86593277|gb|CI257917.1|CI257917
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|58668035|gb|CK056721.1|CK056721
EST:     CAGCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGT
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGT
EST: gi|33690517|gb|CF318756.1|CF318756
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|88218221|gb|CI218070.1|CI218070
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|88478579|gb|CI415850.1|CI415850
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|86842909|gb|CI342160.1|CI342160
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|33681719|gb|CF309958.1|CF309958
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTTCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|86432178|gb|CI085789.1|CI085789
EST:     CACCGAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|86537241|gb|CI177447.1|CI177447
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
EST: gi|88226870|gb|CI224855.1|CI224855
EST:     CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAA                         ATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC
genomic: CACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 60 (downstream exon)
Score: 11

AATTTCACCGAATGGAACCTGGTTGTTCAGTATCATCCCATCCTCGATATCACCCAGATATCTGGCTTCAATTACAAGTCAATCCAAGTCGGCAAAATAAgtaagtcaat ... tgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGCAAGCTGGTCCGCTTGGAAATGTGCAAGGAGAACTGATTGTGAGAAAGGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataccatctctctatcttttgctcacgaagttttttttttctccttgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGCAAGCTGGTCCGCTTGGAAATGTGCAAGGAGAACTGATTGTGAGAAAGGA
                   tgctcac  putative branch site (score: 11)
                              ttttttttttctcctt  putative PPT
                           aagttttttttttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtcaatctggaaccatccttttttgataaaaaaaaatgcatgtgtatgtgtgtgtatatatacttctgacctatgtctagattcgtagccaaaatttattttttttaaggacagaaggtgtatataccatctctctatcttttgctcacgaagttttttttttctccttgtatgttagATGATACTACGATGCTATGGGGAGTAAAGCCCTACTATGATTTGCTCATGCAAGCTGGTCCGCTTGGAAATGTGCAAGGAGAACTGATTGTGAGAAAGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA