1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aaatttcggtttcttgctggttatttctaactgcgagtaggctagttttatatgatggatgagtcataaacaactcccgatttttttttcgatggcccagATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAAAGGAACATTCTGAAGCAGAAGCAAGAAAGTCAAGCAAAGCATGGTGGCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g31830.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAAAACACGAGATAATGTTGAGAAGTGTTTTGAAGAACTCGCACTAAAG ATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAAEST: gi|86869456|gb|CI346316.1|CI346316
genomic: CGAAAACACGAGATAATGTTGAGAAGTGTTTTGAAGAACTCGCACTAAAGgtatgcctaa ... gatggcccagATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAA
EST: CGAAAACACGAGATAATGTTGAGAAGTGTTTTGAAGAACTCGCACTAAAG ATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTATTCGGTTGTCAAAEST: gi|88273405|gb|CI393811.1|CI393811
genomic: CGAAAACACGAGATAATGTTGAGAAGTGTTTTGAAGAACTCGCACTAAAGgtatgcctaa ... gatggcccagATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAA
EST: CGAAAACACGAGATAATGTTGAGAAGTGTTTTGAAGAACTCGCACTAAAG ATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAAEST: gi|86853570|gb|CI330421.1|CI330421
genomic: CGAAAACACGAGATAATGTTGAGAAGTGTTTTGAAGAACTCGCACTAAAGgtatgcctaa ... gatggcccagATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAA
EST: CGAAAACACGAGATAATGTTGAGAAGTGTTTTGAAGAACTCGCACTAAAG ATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAA
genomic: CGAAAACACGAGATAATGTTGAGAAGTGTTTTGAAGAACTCGCACTAAAGgtatgcctaa ... gatggcccagATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAA
ttttatatgatggatgagtcataaacaactcccgatttttttttcgatggcccagATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAAAGGAACATTCTGAAGCAGAAGCAAGAAAGTCAAGCAAAGCATGGTGGCG
tttttttttcg CT-rich tract
atttttttttcgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatttcggtttcttgctggttatttctaactgcgagtaggctagttttatatgatggatgagtcataaacaactcccgatttttttttcgatggcccagATTATGGATGTCCCTAGCCTCTTGGAGGAAGGCTCCTCTTCGGTTGTCAAAAGGAACATTCTGAAGCAGAAGCAAGAAAGTCAAGCAAAGCATGGTGGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - cttgctg
- - - - - - - - - - - - - - - ctgcgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atggatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataaaca