Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagtgttaattcatgtgttctttatgtaggaattatattctagtgttgttcatacatatataaggtgcattccatctaagaaactgctctttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAAAGCTGAGCAAGGAAGACCTGAAAGAAATCTCAGCTGCTGTCCCTGCTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g28320.4
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g28320.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G813143_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
--tagtgttaattcatgtgttctttatgtaggaattatattctagtgttgttcatac-atatataag-gtgcattccatctaagaaactgctctttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAAAGCTGAGCAAGGAAGACCTGAAAGAAATCTCAGCTGCTGTCCCTGCTGG
  || |||| |      |      ||| |      | |  |  | |    | ||    |||| |    |||||  | |  |    ||||||||| |||||  ||| ||||||||||  ||||||||||| || || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||  ||||||||||
cttactgttgagagccatacaagctatat----ccttttctgaaataccatccaagttatatctggttgtgcacacgagttgtataactgctctctgaatccagGAACAACAAAAGCCAAGAACCTTGACGAAAATATCGGTGCTGTAAAGGTAAGGCTGAGCAAGGAAGACCTCGAAGAAATCTCAGGCGCATTCCCTGCTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88510628|gb|CI438134.1|CI438134
EST:     GATGTTGTTCCAATCCCTG                         GCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
genomic: GATGTTGTTCCAATCCCTGgtaatgtgtt ... ttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
EST: gi|29687720|gb|CB683995.1|CB683995
EST:     TGCTCTCTCCTGGGTTCTTCATCAAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTG                         GCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
genomic: TGCTCTCTCCTGGGTTCTTCATCAAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTGgtaatgtgtt ... ttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
EST: gi|86425513|gb|CI070610.1|CI070610
EST:     TGCTCTCTCCTGGGTTCTTCATCAAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTG                         GCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
genomic: TGCTCTCTCCTGGGTTCTTCATCAAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTGgtaatgtgtt ... ttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
EST: gi|86600347|gb|CI356104.1|CI356104
EST:     TCATCAAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTG                         GCACAACAAAGGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
genomic: TCATCAAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTGgtaatgtgtt ... ttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
EST: gi|88256310|gb|CI358698.1|CI358698
EST:     CTGGGTTCTTCATCAAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTG                         GCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
genomic: CTGGGTTCTTCATCAAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTGgtaatgtgtt ... ttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
EST: gi|88259768|gb|CI364061.1|CI364061
EST:     AAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTG                         GCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA
genomic: AAGGGGATGATGTTGTTCCAATCCCTGgtaatgtgtt ... ttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgttcatacatatataaggtgcattccatctaagaaactgctctttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAAAGCTGAGCAAGGAAGACCTGAAAGAAATCTCAGCTGCTGTCCCTGCTGG
                                      ctgctcttt  CT-rich tract
      atacatatataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tagtgttaattcatgtgttctttatgtaggaattatattctagtgttgttcatacatatataaggtgcattccatctaagaaactgctctttgaatttagGCACAACAAAAGTGAAGAACCTTGATGATAACATTGGTGCTGTAAAGGTAAAGCTGAGCAAGGAAGACCTGAAAGAAATCTCAGCTGCTGTCCCTGCTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT