Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agggagctgctgcaatgctatattttttctagtcgggactttttcactacatatgtaatatatctgatctgatctggtgttgttatgttccggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGCCAGCCAGCAAATCCGATGAGGACGATGATGACAGCGAGCTTTAGATAGC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g32526.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g32526.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G25220.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
agggagctgctgcaatgctatattttttctagtcgggactttttcactacatatgtaa-tatatctgatctgatctg-gtgttgttatgttccggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGCCAGCCAGCAAATCCGATGAGGACGATGATGACAGCGAGCTTTAGATAGC--
   | |    |      |  ||  |    | ||   || | |  || ||||  ||  | || || |    |||  || ||||   |   |   |   ||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || || || ||| ||||| || |  |     |  ||||   |   ||       |||    
--tgtgtaaattttcgaccctagctgcatttgttaagaatgtgacattacagttgagactagatgttccatgaaatgagtgtaagtggatggtgaattgcagGTGGGGCGACACTGATATTCGACACCGAGCTTGTTGCTGTGAACGGAGAACCATCCAGCGAAGCGAAATCAAAGAATGA--GCTTTGATTACACCATAATTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|55432912|gb|CV729479.1|CV729479
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|88515169|gb|CI442823.1|CI442823
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|33687579|gb|CF315818.1|CF315818
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|66928292|gb|CX115140.1|CX115140
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|218484090|gb|FG956007.1|FG956007
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|163927898|gb|EG713510.1|EG713510
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|58678099|gb|CK066786.1|CK066786
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|88375448|gb|CI681220.1|CI681220
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGNCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCG
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCG
EST: gi|58676104|gb|CK064791.1|CK064791
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|86509969|gb|CI152602.1|CI152602
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|38480031|gb|CF964120.1|CF964120
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|33686364|gb|CF314603.1|CF314603
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGGTACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|89168554|gb|CI038908.1|CI038908
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|218491364|gb|FG953091.1|FG953091
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|163920086|gb|EG709856.1|EG709856
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|2799478|gb|AA752467.1|AA752467
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGT
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGT
EST: gi|88576196|gb|CI670341.1|CI670341
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCCCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGAATCTCATTTTCGATACCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGC
EST: gi|10794952|gb|AU108918.1|AU108918
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actacatatgtaatatatctgatctgatctggtgttgttatgttccggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGCCAGCCAGCAAATCCGATGAGGACGATGATGACAGCGAGCTTTAGATAGC
                     atctgat  putative branch site (score: 4)
     atatgtaatatatct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agggagctgctgcaatgctatattttttctagtcgggactttttcactacatatgtaatatatctgatctgatctggtgttgttatgttccggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGCCAGCCAGCAAATCCGATGAGGACGATGATGACAGCGAGCTTTAGATAGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT