Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgaatgctatggtgctggcgacctttatcacatgctcaaattcttgtaatccttaacagcgactaatacatcaattatttcctttttgtcatattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g26880.4
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G130440_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
---------ttgaatgctatgg---tgctggcgacctttatcacatgctcaaattcttgtaatccttaacagcgactaatacatcaattatttcctttttgtcatattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
         |  | |||||||    ||||| | || |||| || ||  |||      ||||||| |||| ||| |  ||||| ||||| || |||  |  ||||| |   |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||
ttgctcatttctagtgctatgtaattgctgccaacatttaccatataatca------tgtaatc-ttaatagccatgaatacctcaataatctcccat--gtcatgt---agGTTGGAATGCTTGCATTGCTTTGGTCTGTGGAAATTGTGTCGTCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29668604|gb|CB664879.1|CB664879
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29670252|gb|CB666527.1|CB666527
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930115|gb|AB178657.1|AB178657
EST:     TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29673829|gb|CB670104.1|CB670104
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29670274|gb|CB666549.1|CB666549
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668613|gb|CB664888.1|CB664888
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930145|gb|AB178687.1|AB178687
EST:     TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668647|gb|CB664922.1|CB664922
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668563|gb|CB664838.1|CB664838
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930143|gb|AB178685.1|AB178685
EST:     TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtaatccttaacagcgactaatacatcaattatttcctttttgtcatattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
                gactaat  putative branch site (score: 2)
                              ttatttcctttttgtc  putative PPT
                   taatacatcaattatt  TA-rich tract