Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatatgtttgaacaagctaactaattactccacttgatagttctttgtggagtacctattttttattgtttatttttctaacgatttgaaatgatgagctgtgctctttctgttaaccttttgtataacctatggcatttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGCGATGGGAACTATGATGTCTCATGCAATTGCAAATTCAGTTTTTGTTGGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g42740.3
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g42740.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G143644_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtaatatgtttgaacaagctaactaattactccacttgatagttctttgtggagtacctattttttattgtttatttttctaacgatttgaaatgatgagctgtgctctttctgttaaccttttgtataacctatggcatttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGCGATGGGAACTATGATGTCTCATGCAATTGCAAATTCAGTTTTTGTTGGA
||||||||| | |||||  | ||| |||   | |||  | ||||||||| ||   |||| ||||||           ||  |  | ||||  || |||  || |       |||  |  |  ||||  |||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |  | ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
gtaatatgtcttaacaatttgactgattctccaactacacagttctttg-ggcccaccttttttttgc---------ttacactgctttggcatcatgttctct----cacctggcactcaattgtggaacct----catttcatgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCTGTGGAGTTTCTTGGTGATGAAAACTATGATGTCTCATGCAATTGCAAGTTCAGCTTTTGCTGGA

upper sequence: LOC_Os08g42740.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G100913_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtaatatgtttgaacaagctaactaattactccacttgatagttctttgtggagtacctatttt-ttattgtttatttttctaacgatttgaaatgatgagctgtgctctttctgttaacctt-ttgtataacctatggcatttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGCGATGGGAACTATGATGTCTCATGCAATTGCAAATTCAGTTTTTGTTGGA
||||||||||  | |||  |  || |||   | |||  | |||||||||      |||||  || || ||||||||       ||  ||||  || |||  || |   ||  |||| |||    ||||  || ||    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  |  | ||||  ||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||
gtaatatgttgtaccaatttgtctgattctccaactacacagttctttg------acctaacttgtttttgtttat-------actgtttggcatcatgttctctcacctgcctgtaaactcaattgtgaaatct----catttcatgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGCACATGTGCTGTGGAGTTCCTTGGTGATGAAAACTATGATGTTTCATGCAATTGCATGTTCAGCTTTTGTTGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58672626|gb|CK061312.1|CK061312
EST:     TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAG                         ACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
genomic: TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAGgtaatatgtt ... tttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
EST: gi|86885710|gb|CI309837.1|CI309837
EST:     TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAG                         ACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
genomic: TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAGgtaatatgtt ... tttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
EST: gi|29635023|gb|CB640032.1|CB640032
EST:     TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAG                         ACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
genomic: TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAGgtaatatgtt ... tttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
EST: gi|29622679|gb|CB627690.1|CB627690
EST:     TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAG                         ACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
genomic: TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAGgtaatatgtt ... tttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
EST: gi|29671896|gb|CB668171.1|CB668171
EST:     TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAG                         ACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
genomic: TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAGgtaatatgtt ... tttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
EST: gi|29669832|gb|CB666107.1|CB666107
EST:     TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAG                         ACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
genomic: TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAGgtaatatgtt ... tttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
EST: gi|33793942|gb|CF322859.1|CF322859
EST:     TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAG                         ACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC
genomic: TGAGATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAGgtaatatgtt ... tttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatgagctgtgctctttctgttaaccttttgtataacctatggcatttcctgcagACTAAATGGTGTCCAGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGCGATGGGAACTATGATGTCTCATGCAATTGCAAATTCAGTTTTTGTTGGA
                                           catttcct  CT-rich tract
                          ttttgtataa  TA-rich tract