Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaattacttcatcccttatcttccacacatataaatcaattttattaaattctccaaattctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTGCATCTCTCCTCAAAGAAAGATGCAAAGCACTATATAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g27840.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g27840.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA06G43050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
---------gtaagaattacttca--tcccttatcttccacacatat-aaatcaattttattaaattctc---------caaattctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTGCATCTCTCCTCAAAGAAAGATGCAAAGCACTATATAG
          |     | | | ||  ||  |||| ||   |    || ||    | | | |||| ||||              ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |  ||  | ||||| || | |  ||||||||||| ||||||||| || ||||| |
gtatcaaatatgctggtcattacagatcatttattttattctagcatcaaggttactgttttaacttcttgcttcttgtttgcttctggcagTTGTCTATGTGGCGCTGCAATGATGAGCTACGTGTTCGTTCTGATGAACTCCTTAGCTCCTCAAAGAGAGATGCAAAACATTATATTG

upper sequence: LOC_Os08g27840.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv19s0014g01390.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
------------------------------------------------------------------------gtaagaa-ttacttcatcccttatcttccacacatata--aatcaattttat--taaattctccaaatt-------ctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTGCATCTCTCCTCAAAGAAAGATGCAAAGCACTATATAG
                                                                        | | ||  || |||  | | ||   |  || || | |   | ||| | ||||  ||| ||  |    ||        |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| |  || |||||||| || |     || ||||||||||||||||| ||||||||||
gtatatattagctatactttattcttaattagattcttcatttttctcctttcatggagcatcacttacttagcaggaggttgcttgctacattcattatcatacttgttgcagtcactattatgctaattttgctttgttattttcattggcagTTGTCTATGTGGCGATGCAATGACGAACTTCGTGTTCGTGCAGATGAACTCCTCAGATCTTCAAAGAAAGATGCAAAACACTATATAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88419758|gb|CI686522.1|CI686522
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGACCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|58664261|gb|CK052947.1|CK052947
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|29629554|gb|CB634563.1|CB634563
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|88456811|gb|CI695152.1|CI695152
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|29629584|gb|CB634593.1|CB634593
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|88444625|gb|CI694857.1|CI694857
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|88328745|gb|CI678548.1|CI678548
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|29632848|gb|CB637857.1|CB637857
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGAT
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGAT
EST: gi|88593045|gb|CI711194.1|CI711194
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|29634597|gb|CB639606.1|CB639606
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|29635424|gb|CB640433.1|CB640433
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|88582985|gb|CI699454.1|CI699454
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|88444723|gb|CI694961.1|CI694961
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|29634599|gb|CB639608.1|CB639608
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|88463602|gb|CI696070.1|CI696070
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|88589049|gb|CI706900.1|CI706900
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCT
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCT
EST: gi|29634929|gb|CB639938.1|CB639938
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|88391962|gb|CI683782.1|CI683782
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|29630865|gb|CB635874.1|CB635874
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|29629203|gb|CB634214.1|CB634214
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
EST: gi|87017108|gb|CI286244.1|CI286244
EST:     TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAG                         CTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG
genomic: TGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 70 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 60

TCCAAGAGTGACACCAGAAGTCACAAGGGATGTATGCTTGCTTGCTAGAATGATGGCTTCAAATTTATACTGCTCGCAAATTGAGGATCTCATGTTTGAGgtaagaatta ... attctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTGCATCTCTCCTCAAAGAAAGATGCAAAGCACTATATAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccttatcttccacacatataaatcaattttattaaattctccaaattctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTGCATCTCTCCTCAAAGAAAGATGCAAAGCACTATATAG
              acatataaatcaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagaattacttcatcccttatcttccacacatataaatcaattttattaaattctccaaattctggcagCTGTCTATGTGGCGATGCAATGATGAGCTTCGGGCACGAGCAGATGAGCTGCATCTCTCCTCAAAGAAAGATGCAAAGCACTATATAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG