Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g13690.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G868433_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagt--accttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
      |       |    | || | | ||| | ||||  | | |  ||  ||      | |  | |  |   | |  |   | ||  | |    || | |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||    |||||| ||||||| |||
aaaacattgctacaataggagag-tctggaggtagttac-tgcatctttgcttggtgactccagcttctcatgaccttgctaaactgatatatcttgtttagGTACCCGAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTACGGAAAACTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCTAACAACCAAGTCATCGAG

upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G344279_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
-------gggttct-catagtgacttta-tagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
       |  |    |||| || ||  | ||| |  ||  | | ||||   |||||| | |  |    |||       || | | | ||  |   |||    || | |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||    |||||| ||||||| |||
gaaaaaagcataaagcatactgtctggagtagttcctg--catcttag---cttggtgactcatctgcttccgatgaccttactaacgtggcaaatct----tgtttagGTACCCAAACTTGAACAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAATCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG

upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
--------gggttctcatagtgacttta-tagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
             |  | |||| ||  | ||| |  ||  | | ||||   |||||| | |  |    ||||      || | | ||||  |   |||    || | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||    |||||| ||||||| |||
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctg--catcttag---cttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatct----tgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG

upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G06860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
      | |  |  | || |  |   ||||  |||| | ||  ||  |||  |  |         ||   |   |   | |  | | ||       |||||||||| ||  |||||||||| |  |||||||||||||||||||| || |||||  | ||||||||||| ||| |  |  |  |||||    |  |||| 
-----gtaagtgaaagttcaacgacattga--ttgtcatatggttcattacctgcaccacgggttcttaatattt---gcaaatccact-------tcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAAGTTAACAAGCAGAGAATTGCCTTAAATGACAACTCTATTGTTGAA

upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctg--aatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
           ||   ||||   |||    ||    ||  || ||  ||||  |||  | | |   |  |||  ||| |     || || | ||    | || |||||||| || |||||||| || ||| | || |||||||| || || |||||||| ||||||||||||| | ||||     |||||    ||||||||
-----------gtatgttta---cttccctgcca--tacttatttaattatgattataggtttttataactgctaatgagacttctgcttttgtt---ttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG

upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA15G18170.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
                    ||  |           || ||   |  | ||  || ||   || |      |     | ||  | |          |||||||||| ||  |||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||  | ||||||||||| ||| || |     |||||    | ||||| 
-------------------gtaagtgaaagttcaactacattgattctcatggttcattacctgcaccatggttcttaatatttgcaaatccact-tcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAAGTTAACAAGCAGAGAATTGCTTTGACAGACAACTCTATTATTGAA

upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G01250.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
----gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
    |  |   ||   | |   || | | ||| | ||     ||| ||  |  ||    |  ||  |        |  | |  |  ||  |||| | |  |||| | ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||  || |     |||||    |  | |||
gtatgtatatacactctcatcctaaaccctttaatct-----gatgctatgagataacaagagtcttg---aagagtgtgacttttctcttctgtttt--tcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGATAGCTTTGACTGACAACTCTATTGTAGAG

upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
     | ||  | |   | | |  |||   | | | | | |    |     | | || | ||| |  ||    |||  | |    | ||   | |  | |||||||| ||  ||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| | | |  |     |||||    |  | || 
gtaagtatctcactctttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatagtattc-atttg---taatgtatttatatttcaaatatt-ttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv11s0052g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
  ||     |  |||||    | |||   | | | | ||  |      ||| |  |   | | | |||  | | |||  |||      | ||    ||||||| || ||  | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| | | ||||     | |||  | ||||||| 
--gtatgtgttctgactgc-caacttcataacct-tcagggatca---tatctcca-catgcaatctg--ttattcatatactgaagattgtt---tcagGTATCCCAATTTAAAGAGTGTCAGGGAACTGATTTACAAGAGGGGTTATGGAAAACTTAACAAGCAGAGAACTGCTCTGACTGATAACTCAATCATTGAA

upper sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
     | ||  | |   ||  |    ||  |      || | | |   | |  ||  || || | | |  || |   |  ||  ||  |   | |  | |||||||| ||  ||||||||||  | |||||||| ||||||||||| || |||||| | ||||||||||| | | |  |     |||||    |  | || 
gtaagtatctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtc--taaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattg-caaatatt-ttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218487946|gb|FG943621.1|FG943621
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86524249|gb|CI164455.1|CI164455
EST:     AAGGCAACCATGAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88262459|gb|CI366233.1|CI366233
EST:     AA-GCAACCA-TAACATGCTGCCCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33662258|gb|CF293225.1|CF293225
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|87025815|gb|CI282392.1|CI282392
EST:     CGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: CGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|218500250|gb|FG946063.1|FG946063
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAAGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33656769|gb|CF279383.1|CF279383
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88202876|gb|CI200728.1|CI200728
EST:     CCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGCTACGG
genomic: CCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86596795|gb|CI286708.1|CI286708
EST:     ATGCTGCGCAGGCTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: ATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|11172840|gb|AU164483.1|AU164483
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33686974|gb|CF315213.1|CF315213
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|218500236|gb|FG945125.1|FG945125
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACA
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACA
EST: gi|29617930|gb|CB622942.1|CB622942
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86525770|gb|CI165976.1|CI165976
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGATTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|11026050|gb|AU162651.1|AU162651
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33380976|gb|CF196319.1|CF196319
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33694127|gb|CF322366.1|CF322366
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33688839|gb|CF317078.1|CF317078
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTA
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTA
EST: gi|88201770|gb|CI202125.1|CI202125
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88848273|gb|CI086795.1|CI086795
EST:     GAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: GAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|87018730|gb|CI254438.1|CI254438
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33683489|gb|CF311728.1|CF311728
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|58681140|gb|CK069827.1|CK069827
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|58588495|gb|CF986803.1|CF986803
EST:     AGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCAGTATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCA-TATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86499359|gb|CI141992.1|CI141992
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACNTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86422414|gb|CI059987.1|CI059987
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86593811|gb|CI266491.1|CI266491
EST:     CTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: CTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|4969007|gb|AU065911.1|AU065911
EST:     GGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: GGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86532879|gb|CI173085.1|CI173085
EST:     TTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: TTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88208021|gb|CI207870.1|CI207870
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|58653326|gb|CK042006.1|CK042006
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86254290|gb|CI059017.1|CI059017
EST:     CATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: CATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33670802|gb|CF299041.1|CF299041
EST:     ATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACG
genomic: ATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCC-AAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACG
EST: gi|218479663|gb|FG949104.1|FG949104
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33805769|gb|CF328764.1|CF328764
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88212703|gb|CI212343.1|CI212343
EST:     TTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: TTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33661706|gb|CF292673.1|CF292673
EST:     GGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: GGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|58683169|gb|CK071856.1|CK071856
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|4714890|gb|AU056007.1|AU056007
EST:     AAGGCAACCATTAACAT-NTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTCCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGNGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|89198242|gb|CI015631.1|CI015631
EST:     CCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: CCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|14191962|gb|AU184173.1|AU184173
EST:     GCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: GCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|3766846|gb|AU030956.1|AU030956
EST:     AAGGCAACCATTAACAT-NTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88269575|gb|CI380873.1|CI380873
EST:     TGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: TGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|87026596|gb|CI252550.1|CI252550
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGA-GGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33655322|gb|CF277936.1|CF277936
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|55411936|gb|CV724312.1|CV724312
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88832060|gb|CI014619.1|CI014619
EST:     GCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: GCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|89185620|gb|CI264301.1|CI264301
EST:     TTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: TTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|58604687|gb|CK015215.1|CK015215
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|89169385|gb|CI038394.1|CI038394
EST:     ATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: ATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|10931154|gb|AU161428.1|AU161428
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33800764|gb|CF326253.1|CF326253
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTCGCNG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|55415058|gb|CV727434.1|CV727434
EST:     AGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|87035018|gb|CI189642.1|CI189642
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGCTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|218495485|gb|FG958236.1|FG958236
EST:     AAGGCAAACATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|218483201|gb|FG946355.1|FG946355
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86544810|gb|CI185016.1|CI185016
EST:     CCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGCTACGG
genomic: CCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|58588918|gb|CF987226.1|CF987226
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGG
EST: gi|218478223|gb|FG961149.1|FG961149
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|87033905|gb|CI188529.1|CI188529
EST:     TATGTTGCATATGG                         GTACCCATACTTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: TATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|218501770|gb|FG965921.1|FG965921
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGAAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88242925|gb|CI240776.1|CI240776
EST:     CATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: CATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86602086|gb|CI260556.1|CI260556
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|87023963|gb|CI254527.1|CI254527
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|117234791|gb|CT847888.1|CT847888
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86431063|gb|CI083486.1|CI083486
EST:     AAGGCAACCATGAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86524297|gb|CI164503.1|CI164503
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|218479242|gb|FG969145.1|FG969145
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|58586741|gb|CF985049.1|CF985049
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33661533|gb|CF292500.1|CF292500
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|87018504|gb|CI252258.1|CI252258
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|89184551|gb|CI006976.1|CI006976
EST:     ATGCTGCGCAGGTTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCCTACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: ATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|11565270|gb|AU165906.1|AU165906
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33809510|gb|CF330637.1|CF330637
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGA
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGA
EST: gi|88241267|gb|CI241116.1|CI241116
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33689499|gb|CF317738.1|CF317738
EST:     AGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88974783|gb|CI023079.1|CI023079
EST:     GCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: GCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33659711|gb|CF282324.1|CF282324
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|10794787|gb|AU108753.1|AU108753
EST:     AGGCAACCATTTAACATG-TGCNCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTNTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGNTTACGG
genomic: AGGCAACCA-TTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|58677343|gb|CK066030.1|CK066030
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86534513|gb|CI174719.1|CI174719
EST:     CCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: CCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33822772|gb|CF337190.1|CF337190
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTAC
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTAC
EST: gi|33692256|gb|CF320495.1|CF320495
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|58695727|gb|CK084414.1|CK084414
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|87022502|gb|CI267639.1|CI267639
EST:     ATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: ATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|41881947|gb|BX927671.1|BX927671
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33656035|gb|CF278649.1|CF278649
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88210130|gb|CI209979.1|CI209979
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86822809|gb|CI251862.1|CI251862
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|11171566|gb|AU163851.1|AU163851
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86602158|gb|CI260628.1|CI260628
EST:     TTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: TTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|2443196|gb|C74967.1|C74967
EST:     GTTGCATATNG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: GTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86855328|gb|CI265254.1|CI265254
EST:     ATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: ATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|33693227|gb|CF321466.1|CF321466
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|218485429|gb|FG969304.1|FG969304
EST:     AGGCAACCATATAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTAACGG
genomic: AGGCAACCAT-TAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|29617931|gb|CB622943.1|CB622943
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|86523988|gb|CI164194.1|CI164194
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|89167331|gb|CI252862.1|CI252862
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|89187438|gb|CI264257.1|CI264257
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
EST: gi|88225914|gb|CI225830.1|CI225830
EST:     AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG
genomic: AAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 69 (downstream exon)
Score: 220

ATCTTCAATGGTGTCTTCCTCAAGGTTAACAAGGCAACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtatgttatc ... gtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG
      ttttaat  putative branch site (score: 220)
     tttttaatgttcta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - gagcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgaatc