Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattctcattcgttgcataactataggctattccaagagttagaaatgctaaagtatctcttttatatattctctaatctctacaatagtgggctcatatgtgtactggcgttgtttatgcttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g09250.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218501067|gb|FG950430.1|FG950430
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|32948215|gb|BP184787.1|BP184787
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGA
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGA
EST: gi|29640866|gb|CB645873.1|CB645873
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|325494388|gb|JG458912.1|JG458912
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|218497563|gb|FG948931.1|FG948931
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|163917790|gb|EG712128.1|EG712128
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAG
EST: gi|33657660|gb|CF280274.1|CF280274
EST:     T-TGCTTCGTGTTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTG
genomic: TATGCTTCGTGT-GGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTG
EST: gi|11442596|gb|BF430499.1|BF430499
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|58691662|gb|CK080349.1|CK080349
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|33676817|gb|CF305056.1|CF305056
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTG
EST: gi|29680261|gb|CB676536.1|CB676536
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|58586675|gb|CF984983.1|CF984983
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|218497481|gb|FG960433.1|FG960433
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGA
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGA
EST: gi|218504775|gb|FG959637.1|FG959637
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTCGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|218497868|gb|FG968294.1|FG968294
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|117235897|gb|CT847849.1|CT847849
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|58694985|gb|CK083672.1|CK083672
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|58588379|gb|CF986687.1|CF986687
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|325493674|gb|JG458198.1|JG458198
EST:     TATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAAGTTCTACGAGAAG                         GGCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGAC
genomic: TATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAA-GTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGAC
EST: gi|58678716|gb|CK067403.1|CK067403
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|58691986|gb|CK080673.1|CK080673
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATA
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATA
EST: gi|218493364|gb|FG968667.1|FG968667
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|29688512|gb|CB684787.1|CB684787
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|38470686|gb|CF954817.1|CF954817
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGAC
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGAC
EST: gi|58656585|gb|CK045265.1|CK045265
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|58695737|gb|CK084424.1|CK084424
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGA
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGA
EST: gi|4715714|gb|AU056830.1|AU056830
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
EST: gi|29683707|gb|CB679982.1|CB679982
EST:     TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAG                         GCCCTTGGTATGAAGCTGCTGATGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
genomic: TTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 65 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 653

CATGTTTGAGCTTATCCAGAGGGGTCCAACACCTGAGCCTCTTTGCCAAGTTATGCTTCGTGTGGGTGACCTTGATCGCTCCATCAAGTTCTACGAGAAGgtattctcat ... cttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatctctacaatagtgggctcatatgtgtactggcgttgtttatgcttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG
                                    ttgtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtattctcattcgttgcataactataggctattccaagagttagaaatgctaaagtatctcttttatatattctctaatctctacaatagtgggctcatatgtgtactggcgttgtttatgcttaatgaagGCCCTTGGTATGAAGCTGCTGAGGAAGAAGGATGTACCTGACTATAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG