Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatgtatgtattgtatacatagacatatctctggcttctgttgatatctttgttgtcatacaggttgacttaattttggtttgttcttcttgtagGTATAGAAGATCAGAGTCTTGCCCTTTCTGCCGAGGAAGCCTTAAACGAATTCGCTCAAGAGACCTGTGGGTGCTCACAAATTACAATGATGTGGTTGAT
Basic information
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g17400.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: LOC_Os07g17400.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G439168_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatgtatgtattgtatacatagacatatctctggcttctgttgatatctttgttgtcatacaggttgacttaattttggtttgttcttcttgtagGTATAGAAGATCAGAGTCTTGCCCTTTCTGCCGAGGAAGCCTTAAACGAATTCGCTCAAGAGACCTGTGGGTGCTCACAAATTACAATGATGTGGTTGAT
|||| || | | | |||| | ||| | | || | ||| |||| | | || || || |||| | | ||||| || | ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||| | |||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| | ||
-------------------------------------------------aatgtgtagccaataaattaatactacaatgtatgcccatgtgttggt-ataactttttgttggtatagctttgcttagtgatatcttgttgttggtacagGTATAAGAGATCAGAGTCATGCCCTTTCTGTCGAGGAAGCCTCAAAAGAATATGCTCGACAGACCTTTGGGTGCTTACAAATTCCAACGATGTCATCGAC
upper sequence: LOC_Os07g17400.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G171967_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatgtatgtattgtatacatagacatatctctggcttctgttgatatctttgttgtca-tacaggttgacttaattttggtttgttcttcttgtagGTATAGAAGATCAGAGTCTTGCCCTTTCTGCCGAGGAAGCCTTAAACGAATTCGCTCAAGAGACCTGTGGGTGCTCACAAATTACAATGATGTGGTTGAT
|||| || | | | || | | ||| | | || ||| |||| |||| || || || |||| |||| ||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | |||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| | ||
--------------------------------------------------atgtgtagccaataaattaatgctacaatgtatgccca-tgtgtgggtataacttttttgttggtatagctttgcttagttttatattgttgttggtacagGTATAAGAGATCAGAGTCTTGCCCTTTCTGCCGAGGAAGCCTCAAAAGAATCCGCTCGACAGACCTTTGGGTGCTTACAAATTCCAACGATGTCATCGAC atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ttgatatctttgttgtcatacaggttgacttaattttggtttgttcttcttgtagGTATAGAAGATCAGAGTCTTGCCCTTTCTGCCGAGGAAGCCTTAAACGAATTCGCTCAAGAGACCTGTGGGTGCTCACAAATTACAATGATGTGGTTGAT
acttaat putative branch site (score: 4)
tttgttcttcttgt putative PPT
acttaatttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatgtatgtattgtatacatagacatatctctggcttctgttgatatctttgttgtcatacaggttgacttaattttggtttgttcttcttgtagGTATAGAAGATCAGAGTCTTGCCCTTTCTGCCGAGGAAGCCTTAAACGAATTCGCTCAAGAGACCTGTGGGTGCTCACAAATTACAATGATGTGGTTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA