1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ttacatgttttttccgcaaatttgctcaattgattttctgctttcagttcccaaaaccatacatatatcagtagaatttaagaatgtctgtttagcacagGTGGTAATAGTGCCTATATGGAAAAAGGGAGATGAAAAGAGTGCTGTTATGGAAGCTGTGTCTTCAGTTCAAAACACACTCAAAGAAGCAGGAATTAGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g07060.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGTGATGATGCTGGCTTAATGCTTCCGCCAAATATTGCACCCATCCAG GTGGTAATAGTGCCTATATGGAAAAAGGGAGATGAAAAGAGTGCTGTTATGEST: gi|29683041|gb|CB679316.1|CB679316
genomic: ATGGTGATGATGCTGGCTTAATGCTTCCGCCAAATATTGCACCCATCCAGgtctttttcc ... tttagcacagGTGGTAATAGTGCCTATATGGAAAAAGGGAGATGAAAAGAGTGCTGTTATG
EST: ATGGTGATGATGCTGGCTTAATGCTTCCGCCAAATATTGCACCCATCCAG GTGGTAATAGTGCCTATATGGAAAAAGGGAGATGAAAAGAGTGCTGTTATG
genomic: ATGGTGATGATGCTGGCTTAATGCTTCCGCCAAATATTGCACCCATCCAGgtctttttcc ... tttagcacagGTGGTAATAGTGCCTATATGGAAAAAGGGAGATGAAAAGAGTGCTGTTATG
agttcccaaaaccatacatatatcagtagaatttaagaatgtctgtttagcacagGTGGTAATAGTGCCTATATGGAAAAAGGGAGATGAAAAGAGTGCTGTTATGGAAGCTGTGTCTTCAGTTCAAAACACACTCAAAGAAGCAGGAATTAGAG
tctgttt CT-rich tract
tagaatttaagaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttacatgttttttccgcaaatttgctcaattgattttctgctttcagttcccaaaaccatacatatatcagtagaatttaagaatgtctgtttagcacagGTGGTAATAGTGCCTATATGGAAAAAGGGAGATGAAAAGAGTGCTGTTATGGAAGCTGTGTCTTCAGTTCAAAACACACTCAAAGAAGCAGGAATTAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- acatgtt
- - - - - - - - - - - tgctcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - -ttttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccataca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgtctg