1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttattgattacttgatgttatttgacatgtttcatgtattgactattgactgatttttaattgtagttagtaacttggtctagtattttgggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g01930.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAAATTGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATGEST: gi|88261690|gb|CI365266.1|CI365266
genomic: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAGgttactgatt ... ggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
EST: TGTCCATCTTAGAAGC-GCTCATGAAAATGACATCGGACTTGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATGEST: gi|10794608|gb|AU108574.1|AU108574
genomic: TGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAGgttactgatt ... ggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
EST: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATGEST: gi|218490073|gb|FG948574.1|FG948574
genomic: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAGgttactgatt ... ggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
EST: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATGEST: gi|66917010|gb|CX103858.1|CX103858
genomic: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAGgttactgatt ... ggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
EST: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATGEST: gi|33680136|gb|CF308375.1|CF308375
genomic: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAGgttactgatt ... ggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
EST: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATGEST: gi|24468825|gb|CA305774.1|CA305774
genomic: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAGgttactgatt ... ggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
EST: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACCTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATGEST: gi|33680135|gb|CF308374.1|CF308374
genomic: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAGgttactgatt ... ggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
EST: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATGEST: gi|11443010|gb|BF430897.1|BF430897
genomic: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAGgttactgatt ... ggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
EST: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
genomic: TGGAATGTCCATCTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGACATCGAACTTGAAGgttactgatt ... ggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
ttgactgatttttaattgtagttagtaacttggtctagtattttgggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
tagtaac putative branch site (score: 7)
atttttaattgtagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttattgattacttgatgttatttgacatgtttcatgtattgactattgactgatttttaattgtagttagtaacttggtctagtattttgggtactgcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCGTGTTCAACCTGTCATGTCATAGTTATG
- - - - - cttgatg
- - - - - - - - - - - - - -tgtttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgtattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgactg