1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gttagtgtgtgaataccttatgcttgggattatcattagttgtctatgtcttatagatgatcaatgccaacactcttgaatgttaaccctacttaaaaaaatatgtaaacgtggaattatttggtattctctagGTAATCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTCAGAATTCGATAAAGCAATGGATTTTGAAAGCTTGAATCCTGGAGAGCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g44760.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTAATGCAATTCCTAAATGGACCGGTTTACTGCCTANGTCCGGAAATATG GTAAATCA-CACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTCEST: gi|157651940|gb|EX451574.1|EX451574
genomic: CTAATGCAATTCCTAAATGGACCGGTTTACTGCCTAGGTCCGGAAATATGgttagtgtgt ... tattctctagGTAA-TCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTC
EST: ATGC-ATTCC-AAATGGACCGGTTTACTGCCTAGGTCCGGAAATATG GTAATCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCCTCCTCTTTCAEST: gi|66947184|gb|AU312028.1|AU312028
genomic: ATGCAATTCCTAAATGGACCGGTTTACTGCCTAGGTCCGGAAATATGgttagtgtgt ... tattctctagGTAATCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTCA
EST: CTAATGCAATTCCTAAATGGACCGGTTTACTGCCTAGGTCCGGAAATATG GTAATCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTCAEST: gi|58695929|gb|CK084616.1|CK084616
genomic: CTAATGCAATTCCTAAATGGACCGGTTTACTGCCTAGGTCCGGAAATATGgttagtgtgt ... tattctctagGTAATCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTCA
EST: ATTCCTAAATGGACCGGTTTACTGCCTA-GTCCGGAAATATG GTAATCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTCA
genomic: ATTCCTAAATGGACCGGTTTACTGCCTAGGTCCGGAAATATGgttagtgtgt ... tattctctagGTAATCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTCA
atgttaaccctacttaaaaaaatatgtaaacgtggaattatttggtattctctagGTAATCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTCAGAATTCGATAAAGCAATGGATTTTGAAAGCTTGAATCCTGGAGAGCAG
tgttaac putative branch site (score: 24)
tattctct putative PPT
tacttaaaaaaatatg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagtgtgtgaataccttatgcttgggattatcattagttgtctatgtcttatagatgatcaatgccaacactcttgaatgttaaccctacttaaaaaaatatgtaaacgtggaattatttggtattctctagGTAATCAACACAGAATGGGGGAGCTTTAAATCAGATAAGCTTCCTCTTTCAGAATTCGATAAAGCAATGGATTTTGAAAGCTTGAATCCTGGAGAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG