1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagtaaacatttttcatcttatttttaccctctcttcagtttccctcctaactgactaacctaggtccgttgccctccatttgactcctgcaaactgcattatttgtcattagccattaccaacttactcttggctgtcttttgtcagCTTGTCCACCATGTATTGTCACTTACTGCTGTAACGTATACTATGCTTTCTGGGGAAGGACAGTTATACACATACATGAGTCTCATCTCAGAGACTACTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g43540.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCTTGCCATGATACTATGGTTTTACCCTTCACTCGGTGGAATGGAGTAT CTTGTCCACCATGTATTGTCACTTACTGCTGTAACGTATACTATGCTTTCTEST: gi|29666719|gb|CB662994.1|CB662994
genomic: ACCTTGCCATGATACTATGGTTTTACCCTTCACTCGGTGGAATGGAGTATgtaagtaaac ... cttttgtcagCTTGTCCACCATGTATTGTCACTTACTGCTGTAACGTATACTATGCTTTCT
EST: ACCTTGCCATGATACTATGGTTTTACCCTTCACTCGGTGGAATGGAGTAT CTTGTCCACCATGTATTGTCACTTACTGCTGTAACGTATACTATGCTTTCTEST: gi|11544398|gb|BF475216.1|BF475216
genomic: ACCTTGCCATGATACTATGGTTTTACCCTTCACTCGGTGGAATGGAGTATgtaagtaaac ... cttttgtcagCTTGTCCACCATGTATTGTCACTTACTGCTGTAACGTATACTATGCTTTCT
EST: ACCTTGCCATGATACTATGGTTTTACCCTTCACTCGGTGGAATGGAGTAT CTTGTCCACCATGTATTGTCACTTACTGCTGTAACGTATACTATGCTTTCT
genomic: ACCTTGCCATGATACTATGGTTTTACCCTTCACTCGGTGGAATGGAGTATgtaagtaaac ... cttttgtcagCTTGTCCACCATGTATTGTCACTTACTGCTGTAACGTATACTATGCTTTCT
actgcattatttgtcattagccattaccaacttactcttggctgtcttttgtcagCTTGTCCACCATGTATTGTCACTTACTGCTGTAACGTATACTATGCTTTCTGGGGAAGGACAGTTATACACATACATGAGTCTCATCTCAGAGACTACTA
aacttac putative branch site (score: 25)
ctgtctttt putative PPT
attatttgtcatta TA-rich tract