1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...atttcccacaaagtgaactgaatggacttgttgtatggaagtcaataatactattttttttcttttacaagatagcatttatatctgcatttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATAGTCTCCTGTTGGGTAAAGGGGCCTTCTTTATCCATGTCAATAATATGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g33810.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATEST: gi|29682373|gb|CB678648.1|CB678648
genomic: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
EST: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATEST: gi|58656998|gb|CK045678.1|CK045678
genomic: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
EST: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATEST: gi|29619149|gb|CB624161.1|CB624161
genomic: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
EST: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATEST: gi|88329499|gb|CI648561.1|CI648561
genomic: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
EST: AATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATEST: gi|29679742|gb|CB676017.1|CB676017
genomic: AATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
EST: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATEST: gi|29643203|gb|CB648210.1|CB648210
genomic: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
EST: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATEST: gi|88350419|gb|CI653484.1|CI653484
genomic: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
EST: AATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATEST: gi|58662678|gb|CK051364.1|CK051364
genomic: AATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
EST: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATEST: gi|58670185|gb|CK058871.1|CK058871
genomic: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
EST: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAG TTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
genomic: GTACAATTTTAACTGTATTTGTTGCAATGCCACAACATATGTGGGACAAGgtatggatgc ... ttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAAT
taatactattttttttcttttacaagatagcatttatatctgcatttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATAGTCTCCTGTTGGGTAAAGGGGCCTTCTTTATCCATGTCAATAATATGA
catttcttt CT-rich tract
tattttttttctttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atttcccacaaagtgaactgaatggacttgttgtatggaagtcaataatactattttttttcttttacaagatagcatttatatctgcatttctttacagTTATCCGAAGACACAGGAAATCTTGTCAAAAGCTTGGTAAATGCTCCAAATAGTCTCCTGTTGGGTAAAGGGGCCTTCTTTATCCATGTCAATAATATGA
- - -ccacaaa
- - - - - - - - - tgaatgg
- - - - - - - - - - - - - cttgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atctgca