1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtttcacatggattctctctctctgtttctgttctgcatttctgttcttgctgaatttcagggcttggcacttggcagcaatctgatggcatatatggtatggctaaatttgattgatcgtgtttcagATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAGGTGGAGGAGATCATCCCCAAGTGGAAGATCGTCCCCACCAAGGACGTCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g29974.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGACC-AACCTTCTGGGACGGCGCCGTCCTCGTCGCGCCGATGTGCAAG ATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAGEST: gi|58609664|gb|CK037697.1|CK037697
genomic: AGGACCCAACCTTCTGGGACGGCGCCGTCCTCGTCGCGCCGATGTGCAAGgtttcacatg ... cgtgtttcagATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAG
EST: AGGACCCAACCTTCTGGGACGGCGCCGTCCTCGTCGCGCCGATGTGCAAG ATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAGEST: gi|38469389|gb|CF953520.1|CF953520
genomic: AGGACCCAACCTTCTGGGACGGCGCCGTCCTCGTCGCGCCGATGTGCAAGgtttcacatg ... cgtgtttcagATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAG
EST: CGTCCTCGTCGCGCCGATGTGCAAG ATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAGEST: gi|29656345|gb|CB652620.1|CB652620
genomic: CGTCCTCGTCGCGCCGATGTGCAAGgtttcacatg ... cgtgtttcagATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAG
EST: AGGACCCAACCTTCTGGGACGGCGCCGTCCTCGTCGCGCCGATGTGCAAG ATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAG
genomic: AGGACCCAACCTTCTGGGACGGCGCCGTCCTCGTCGCGCCGATGTGCAAGgtttcacatg ... cgtgtttcagATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAG
ggcagcaatctgatggcatatatggtatggctaaatttgattgatcgtgtttcagATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAGGTGGAGGAGATCATCCCCAAGTGGAAGATCGTCCCCACCAAGGACGTCA
taaatttgattgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttcacatggattctctctctctgtttctgttctgcatttctgttcttgctgaatttcagggcttggcacttggcagcaatctgatggcatatatggtatggctaaatttgattgatcgtgtttcagATATCGGAGAAGGTGAAGCCGCATCCGTTGGTGGTGACGCTCCTGACGCAGGTGGAGGAGATCATCCCCAAGTGGAAGATCGTCCCCACCAAGGACGTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA