Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g06430.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: AC199571.3_FGT004 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtatgctattatgatcagcctgttgttcatc--aaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
||  | ||| ||| ||| | | | || || |  ||   |||  |||| |||   ||| |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
gttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaagtatttccatcacgctacttcactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G404011_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
------gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
      ||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||| |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
cccatggttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatcacgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G170845_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||| |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
gttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatcacgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTACAAGCATCTTGCTCCG

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G008647_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||| |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
gttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatcacgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G159369_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||  |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
gttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58662435|gb|CK051121.1|CK051121
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58684543|gb|CK073230.1|CK073230
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|27577315|gb|CB000010.1|CB000010
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|27576419|gb|CA999113.1|CA999113
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGC
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGC
EST: gi|58653948|gb|CK042628.1|CK042628
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58659841|gb|CK048521.1|CK048521
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58690891|gb|CK079578.1|CK079578
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|12622813|gb|AU173026.1|AU173026
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|27577494|gb|CB000189.1|CB000189
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58675064|gb|CK063751.1|CK063751
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
                     atttaat  putative branch site (score: 4)
                                          ctttgtttt  putative PPT
            tatcaatgaatttaat  TA-rich tract