Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g06430.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: AC199571.3_FGT004 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtatgctattatgatcagcctgttgttcatc--aaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
||  | ||| ||| ||| | | | || || |  ||   |||  |||| |||   ||| |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
gttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaagtatttccatcacgctacttcactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G404011_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
------gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
      ||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||| |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
cccatggttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatcacgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G170845_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||| |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
gttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatcacgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTACAAGCATCTTGCTCCG

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G008647_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||| |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
gttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatcacgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G159369_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||  |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
gttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58662435|gb|CK051121.1|CK051121
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58675064|gb|CK063751.1|CK063751
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58684543|gb|CK073230.1|CK073230
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|27577315|gb|CB000010.1|CB000010
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|27577494|gb|CB000189.1|CB000189
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|27576419|gb|CA999113.1|CA999113
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGC
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGC
EST: gi|58653948|gb|CK042628.1|CK042628
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58659841|gb|CK048521.1|CK048521
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58690891|gb|CK079578.1|CK079578
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|12622813|gb|AU173026.1|AU173026
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 73 (upstream exon), 28 (downstream exon)
Score: 53

CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
                     atttaat  putative branch site (score: 53)
                                          ctttgtttt  putative PPT
            tatcaatgaatttaat  TA-rich tract