Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacgttacacacctagatcttctaatctatcctagcacaattatgcattgagtataacatggaaaacctattataattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGGGATATCAAGCCACAAAATCTTCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g04340.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g04340.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G155836_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtaacg-ttacacacctagatcttctaatctatcctagcacaattatgcattgagtataacatggaaaacctattataattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGGGATATCAAGCCACAAAATCTTCTG
|||| | |||| |  || |   || |   |    |  | | || |        |   |||||||  |||||| ||   ||| |||||| || ||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||
gtaaagcttactctgctgggagttgttgacagatcctgtataactgcatgacaatagtaacatgtcaaacct-ttgcgattcacagATTTGTAGAGCCTTGGCATACATTCACAACAGCATTGGAGTGTGCCACAGGGACATTAAGCCGCAAAATCTCCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88742984|gb|CI766492.1|CI766492
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|58679859|gb|CK068546.1|CK068546
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACA-G
EST: gi|58671594|gb|CK060280.1|CK060280
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|66928190|gb|CX115038.1|CX115038
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|29630931|gb|CB635940.1|CB635940
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|58690705|gb|CK079392.1|CK079392
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|88356165|gb|CI627613.1|CI627613
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAAATATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|29629558|gb|CB634567.1|CB634567
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcctagcacaattatgcattgagtataacatggaaaacctattataattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGGGATATCAAGCCACAAAATCTTCTG
                       gtataac  putative branch site (score: 3)
                                  aaaacctattataatt  TA-rich tract