1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatgcatataatatgcgtgtaatcagtttatgttgaggtttacagatgttaatatgcaaactcacttgtcatccttcatgtgaaactcccagAGGGTGCTGGAGCATTGTGATGATCCTACAACACAGCAAATAATGATGGATGAGATTCTCCAGTCCGTTTGCTTGCTGGCTCAAGATCAATACGGCAACT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g01910.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCAAGTTGTGATGTTATCCACTCATCCATATGGTTGTCGGGTTATACAG AGGGTGCTGGAGCATTGTGATGATCCTACAACACAGCAAATAATGATGGATEST: gi|27577450|gb|CB000145.1|CB000145
genomic: GTCAAGTTGTGATGTTATCCACTCATCCATATGGTTGTCGGGTTATACAGgtatgcatat ... aaactcccagAGGGTGCTGGAGCATTGTGATGATCCTACAACACAGCAAATAATGATGGAT
EST: TCTCAGGCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGEST: gi|27576978|gb|CA999672.1|CA999672
genomic: TCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgc
EST: GACGTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGEST: gi|58652414|gb|CK041094.1|CK041094
genomic: GACGTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgc
EST: GACGTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGEST: gi|58662202|gb|CK050882.1|CK050882
genomic: GACGTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgc
EST: GACGTGTTC-TGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGEST: gi|66928352|gb|CX115200.1|CX115200
genomic: GACGTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgc
EST: GACGTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAG
genomic: GACGTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgc
gtttacagatgttaatatgcaaactcacttgtcatccttcatgtgaaactcccagAGGGTGCTGGAGCATTGTGATGATCCTACAACACAGCAAATAATGATGGATGAGATTCTCCAGTCCGTTTGCTTGCTGGCTCAAGATCAATACGGCAACT
aactcac putative branch site (score: 6)
ctccc putative PPT
atgttaatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcatataatatgcgtgtaatcagtttatgttgaggtttacagatgttaatatgcaaactcacttgtcatccttcatgtgaaactcccagAGGGTGCTGGAGCATTGTGATGATCCTACAACACAGCAAATAATGATGGATGAGATTCTCCAGTCCGTTTGCTTGCTGGCTCAAGATCAATACGGCAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA