Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagttttttagttgcacctcaaaaccattctcttttttactacagtgtggaatatattgtgccattatctcgtggtaatgtgttcttttaatccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59040.3
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G061928_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
--tagttttttagttg---cacctcaaaaccattctcttttttactacagtgtggaatatattgtgccattatctcgtggtaatgtgttcttttaatccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG
  ||||  | | | ||   |||    | ||   ||       | ||  ||| || |  |  ||  |  |||      ||  | | |  |  ||||   |    ||||||||||| |||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
attagtcctctggctgtcacactctcagactgatca----actgctctagt-tgcatcagcttcagttatttgtcactgacatttttatggtttatgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG

upper sequence: LOC_Os04g59040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G104918_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
-----tagttttttagttgcacctcaaaaccattctcttttttactacagtgtggaatatattgtgccattatctcgtggtaatgtgttcttttaatccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG
       | | | |||||||   ||||   || | | ||| | ||   | | ||  |||   | ||      | || || |  |||| || |||| ||   ||||||||||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gaccgctgctctgtagttgcg--tcaactgcagt-tatttgtcaccgaattttgtgataacatatgg-gcagtgtcatgatcttgtgatcattta-tctctacagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGAGAGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG

upper sequence: LOC_Os04g59040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G46860.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
tagttttttagttgcacct-caaaaccattctcttttttactacagtgtggaatatattgtgccattatctcgtggtaatgtgttcttttaatccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG
        ||  ||    | || ||||||     || | |  | |      |  | ||||||   | | || | | ||       ||| | || |    |||| || ||  |||| || |  ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||| |||
-------gtaactgtgttttcacaaccatcaaaattatcatcaaat-----accacattgtgttgtaacct-gagttag------cttctgattcgtgtagGAACCAGTGCTTCCCGGATGTTTCCTCCGTGCTAGAGCCATTGGATTAATGCCCATGATTGATCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|55433781|gb|CV730004.1|CV730004
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|3768324|gb|AU032351.1|AU032351
EST:     CACTTTGTGAAAGACAATGATCCAATGGATGGTCCTGGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTAATCCTGGGTTCCTTCCTCCGTGCTAAAGCAATTGGCCT
genomic: CACTTTGTGAA-GACAATGATCCAATGGATGTTC-TGG-TCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGG-TTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCT
EST: gi|33794379|gb|CF323075.1|CF323075
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|88300646|gb|CI587450.1|CI587450
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|88427290|gb|CI586838.1|CI586838
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGC
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGC
EST: gi|33686066|gb|CF314305.1|CF314305
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|58602895|gb|CK013423.1|CK013423
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|66915284|gb|CX102132.1|CX102132
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|27554006|gb|CA997906.1|CA997906
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|55433023|gb|CV729535.1|CV729535
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|32948454|gb|BP185026.1|BP185026
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|58599062|gb|CK009590.1|CK009590
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTA
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTA
EST: gi|55409712|gb|CV722088.1|CV722088
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGC
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGC
EST: gi|33681023|gb|CF309262.1|CF309262
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|33693190|gb|CF321429.1|CF321429
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|58671895|gb|CK060581.1|CK060581
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|86498605|gb|CI141238.1|CI141238
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|55434349|gb|CV730296.1|CV730296
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: gi|163925905|gb|EG712281.1|EG712281
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATT
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATT
EST: gi|86848615|gb|CI293930.1|CI293930
EST:     GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCC
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtggaatatattgtgccattatctcgtggtaatgtgttcttttaatccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG
                                        ttttaat  putative branch site (score: 3)
     aatatattgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tagttttttagttgcacctcaaaaccattctcttttttactacagtgtggaatatattgtgccattatctcgtggtaatgtgttcttttaatccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - -ttgcacc
- - - - - - - - - - -aaaccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgccatt