1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...acatttaaacaccattttcaaattttttatctgtattccgatgccttgtgcatgatcctcaagcgacttctgtttactaaattggaccatacatatgtagGAGAATTGTTGGAATTGCTCATGTTGAGGATTTTGAGTCGATTGAGGATGCCAGCAAGAGAGCTTCGTGTGAGCGACGTGCCCTTAATTGTGCAAAGGCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g57400.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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ttgtgcatgatcctcaagcgacttctgtttactaaattggaccatacatatgtagGAGAATTGTTGGAATTGCTCATGTTGAGGATTTTGAGTCGATTGAGGATGCCAGCAAGAGAGCTTCGTGTGAGCGACGTGCCCTTAATTGTGCAAAGGCA
tactaaa putative branch site (score: 4)
tttactaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acatttaaacaccattttcaaattttttatctgtattccgatgccttgtgcatgatcctcaagcgacttctgtttactaaattggaccatacatatgtagGAGAATTGTTGGAATTGCTCATGTTGAGGATTTTGAGTCGATTGAGGATGCCAGCAAGAGAGCTTCGTGTGAGCGACGTGCCCTTAATTGTGCAAAGGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - -aacacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggacca