Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctcaatctcagctcttttatactctggccttagatttacattaattgttttggctcctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAACTCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTGCTGGAATTTGTGGCAGAAGAAGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g48770.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g48770.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G114220_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
----------------------------------gtaagctcaatctcagctcttttatactc---tggccttagat-----ttacattaattgttttggctcctc-taacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAACTCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTGCTGGAATTTGTGGCAGAAGAAGG
                                  | | | |  ||   |  ||||||  |||    | | | |||||     |  || ||||| ||| | ||  |  ||| ||||||  ||||||| || || |||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||
gtaagttcggttattattagctcctttctttttcgaatgatttatggaacttcttttcgacttgatttgtcgtagatgttagtctcagtaattatttggactttttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAACCCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88343864|gb|CI654900.1|CI654900
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88315253|gb|CI611917.1|CI611917
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88722801|gb|CI746311.1|CI746311
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88386212|gb|CI572829.1|CI572829
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88368046|gb|CI572767.1|CI572767
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88312012|gb|CI580177.1|CI580177
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88386211|gb|CI572828.1|CI572828
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88361848|gb|CI682012.1|CI682012
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCCA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88393733|gb|CI621228.1|CI621228
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|58588357|gb|CF986665.1|CF986665
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88738677|gb|CI762185.1|CI762185
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88582268|gb|CI699664.1|CI699664
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|58595974|gb|CK006502.1|CK006502
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88359976|gb|CI679746.1|CI679746
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATCGAATATCCTATGCTGTCTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88335570|gb|CI642794.1|CI642794
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88314800|gb|CI608259.1|CI608259
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88349807|gb|CI634342.1|CI634342
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|88330242|gb|CI658551.1|CI658551
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|58689043|gb|CK077730.1|CK077730
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
EST: gi|14191699|gb|AU183910.1|AU183910
EST:     TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTG                         CTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA
genomic: TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 3

TAATTATGCCACCATCTGCTCTTGATCGGCTTGgtaagctcaa ... cctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAACTCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTGCTGGAATTTGTGGCAGAAGAAGG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctcttttatactctggccttagatttacattaattgttttggctcctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAACTCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTGCTGGAATTTGTGGCAGAAGAAGG
                            cattaat  putative branch site (score: 3)
                                           ctcctct  putative PPT
                   ttagatttacattaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagctcaatctcagctcttttatactctggccttagatttacattaattgttttggctcctctaacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAACTCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTGCTGGAATTTGTGGCAGAAGAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG