Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaatgatcaagtgctatatttggccaattctcaagttttggtatttatgtatctatttttttaagcatatgttcattaagttcattcctatttggaacagACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATGGGCAGTGGTAGCTATGATGTGAACTGCAACTGTTCATACGGCTTTTGTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g41470.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g41470.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G431691_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
--aaatgatcaagtgctatatttggccaattctcaagttttggtatttatgtatctatttttttaagcatatgttcattaagttcattcctatttggaacagACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATGGGCAGTGGTAGCTATGATGTGAACTGCAACTGTTCATACGGCTTTTGTT
  | |||||   |   |  |||     | ||  | |   |||   || |    |    | |||| |    || || ||| | ||     || | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||
agatatgatactgcattcgattaccatatttagccaacattgagtttgacacttgacatgttttgaagtcatattaattgaattgga--ctgtgtggaacagACAAAATGGTGTCCTGCGCCTGGATGCGAATATGCAGCGGAATTCGTCATGGGCAGTGGCAGCTATGATGTTAATTGCAACTGTTCATATGGGTTTTGTT

upper sequence: LOC_Os04g41470.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G157933_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
--aaatgatcaagtgctatatttggccaattctcaagttttggtatttatgtatctatttttttaagcatatgttcattaagttcattcctatttggaacagACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATGGGCAGTGGTAGCTATGATGTGAACTGCAACTGTTCATACGGCTTTTGTT
  | |||||   |   |  |||     | ||  | |   |||   || |    |    | |||| |    || || ||| | ||     || | ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||
agatatgatactgcattcgattaccatatttagccaacattgagtttgacacttgacatgttttgaagtcatattaattgaattgga--ctgtgtggaacagACAAAATGGTGTCCTGTGCCTGGATGCGAATATGCAGCGGAATTCGTCATGGGCAGTGGCAGCTATGATGTTAATTGCAACTGTTCATATGGGTTTTGTT

upper sequence: LOC_Os04g41470.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G006428_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
----aaatgatcaagtgctatatttggccaattctcaagttttggtatttatgtatctatttttttaagcatatgttcattaagttcattcctatttggaacagACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATGGGCAGTGGTAGCTATGATGTGAACTGCAACTGTTCATACGGCTTTTGTT
          || | | | |||||| |||||   |  |||||  || || |    |    | |||| |    || || ||| | ||     || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||| || |||||||
gatactgcattctactaccatatttagccaacatt-gagtttgagt-ttgacacttgacatgttttgaagtcatattaattgaattgga--ctgtgtggaacagACAAAATGGTGTCCTGCGCCTGGATGTGAATATGCAGCGGAATTCGTCATGGGCAGTGGCAGCTATGACGTTAATTGCAACTGTTCATATGGGTTTTGTT

upper sequence: LOC_Os04g41470.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G876621_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
aaatgatcaagtgctatatttggcca--attctcaa---gttttggtatttatgtatctatttttttaagcatatgttcattaagttcattcctatttggaacagACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATGGGCAGTGGTAGCTATGATGTGAACTGCAACTGTTCATACGGCTTTTGTT
    |||    | ||  ||||| | |  ||  | ||      |||   || |    |    | ||||||    ||||| ||  | ||   |  | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||
---agatatgatactgcatttgactaccatatttaaccaacattgagtttgacacttgacatgttttaaatccatgttaatcgaattggat--tgtttgggacagACAAAATGGTGTCCTGCGCCTGGATGTGAATACGCAGTGGAATTCGTCATGGGCAGTGGCAGCTATGATGTTAATTGCAACTGTTCATATGGGTTTTGTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86901737|gb|CI310499.1|CI310499
EST:     AAAAGTATGGGCGATATCTTCGCAGATCTTACATTGAAGATAATAGGAAG                         ACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATG
genomic: AAAAGTATGGGCGATATCTTCGCAGATCTTACATTGAAGATAATAGGAAGgtaggttgat ... tttggaacagACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATG
EST: gi|29623493|gb|CB628504.1|CB628504
EST:     AAAAGTATGGGCGATATCTTCGCAGATCTTACATTGAAGATAATAGGAAG                         ACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATG
genomic: AAAAGTATGGGCGATATCTTCGCAGATCTTACATTGAAGATAATAGGAAGgtaggttgat ... tttggaacagACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtatctatttttttaagcatatgttcattaagttcattcctatttggaacagACAAAATGGTGTCCTGCTCCTGGATGTGAATATGCTGTAGAATTTGTCATGGGCAGTGGTAGCTATGATGTGAACTGCAACTGTTCATACGGCTTTTGTT
                                       ttcctattt  CT-rich tract
        tatttttttaagcata  TA-rich tract